Perfformiad pedwar prawf ymhelaethu asid niwclëig i nodi SARS-CoV-2 yn Ethiopia

Diolch am ymweld â Nature.com. Rydych chi'n defnyddio fersiwn porwr gyda chefnogaeth CSS gyfyngedig. I gael y profiad gorau, rydym yn argymell eich bod chi'n defnyddio porwr wedi'i ddiweddaru (neu'n analluogi Modd Cydnawsedd yn Internet Explorer). Yn ogystal, er mwyn sicrhau cefnogaeth barhaus, rydym yn dangos y wefan heb arddulliau a JavaScript.
Yn dangos carwsél o dair sleid ar unwaith. Defnyddiwch y botymau Blaenorol a Nesaf i symud trwy dair sleid ar y tro, neu defnyddiwch y botymau llithrydd ar y diwedd i symud trwy dair sleid ar y tro.
Ers yr achosion o glefyd y coronafeirws (COVID-19) yn 2019, mae llawer o brofion ymhelaethu asid niwclëig masnachol (NAATs) wedi'u datblygu ledled y byd ac wedi dod yn asesiadau safonol. Er bod sawl prawf wedi'u datblygu'n gyflym a'u cymhwyso i brofion diagnostig labordy, nid yw perfformiad y profion hyn wedi'i werthuso mewn amrywiaeth o leoliadau. Felly, nod yr astudiaeth hon oedd gwerthuso perfformiad asesiadau Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, a Sansure Biotech gan ddefnyddio'r Safon Gyfeirio Gyfansawdd (CRS). Cynhaliwyd yr astudiaeth yn Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia (EPHI) o 1 i 30 Rhagfyr 2020. Tynnwyd 164 o samplau nasopharyngeal gan ddefnyddio'r pecyn mini RNA QIAamp a system paratoi samplau DNA Abbott. O 164 o sbesimenau, roedd 59.1% yn bositif a 40.9% yn negatif ar gyfer CRS. Roedd positifrwydd Sansure Biotech yn sylweddol isel o'i gymharu â CRS (p < 0.05). Roedd positifrwydd Sansure Biotech yn sylweddol isel o'i gymharu â CRS (p < 0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Roedd canlyniadau cadarnhaol Sansure Biotech yn sylweddol is o'i gymharu â CRS (p < 0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech。）与CRS 相比，Sansure Biotech。） У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Cafodd Sansure Biotech ganlyniadau cadarnhaol sylweddol lai o'i gymharu â CRS (p < 0.05).Roedd cytundeb cyffredinol y pedwar dadansoddiad yn 96.3–100% o'i gymharu â CRS. Yn ogystal â chyfradd bositifrwydd isel prawf Sansure Biotech, roedd perfformiad y pedwar prawf bron yn gymharol. O'r herwydd, mae prawf Sansure Biotech [Ymchwil yn Unig (RUO)] angen dilysu ychwanegol ar gyfer ei ddefnyddio yn Ethiopia. Yn olaf, dylid ystyried ymchwil ychwanegol i werthuso profion gyda honiadau priodol y gwneuthurwr.
Mae profion labordy yn rhan o Gynllun Strategol Sefydliad Iechyd y Byd (WHO) ar gyfer Parodrwydd ac Ymateb i Glefyd y Coronafeirws 2019 (COVID-19). Mae WHO yn cynghori bod angen i wledydd adeiladu capasiti labordy i wella parodrwydd, rheoli achosion yn briodol, gwyliadwriaeth ac ymateb cyflym i heriau iechyd y cyhoedd. Mae hyn yn awgrymu bod rôl y labordy yn allweddol i nodweddu'r clefyd ac epidemioleg asiantau heintus sy'n dod i'r amlwg a rheoli eu lledaeniad.
Mae diagnosis o COVID-19 yn gofyn am wybodaeth epidemiolegol a meddygol, symptomau/arwyddion personol, a data radiograffig a labordy2. Ers i'r achosion o COVID-19 gael eu hadrodd yn Wuhan, Tsieina, mae llawer o brofion ymhelaethu asid niwclëig masnachol (NAATs) wedi'u datblygu ledled y byd. Defnyddiwyd adwaith cadwyn polymeras trawsgrifio gwrthdro amser real (rRT-PCR) fel dull arferol a safonol ar gyfer diagnosis labordy o haint syndrom anadlol acíwt difrifol 2 (SARS-CoV-2)3. Mae canfod moleciwlaidd SARS-CoV-2 fel arfer yn seiliedig ar y genynnau N (genyn protein niwcleocapsid), E (genyn protein amlen), ac RdRp (genyn polymeras RNA sy'n ddibynnol ar RNA) yn rhanbarth ORF1a/b (genyn ffrâm ddarllen agored 1a/b) a nodwyd o'r genom firaol. Fe'u hystyrir fel y prif ranbarthau cadwedig a geir mewn genom firaol ar gyfer adnabod firysau4. Ymhlith y genynnau hyn, mae gan y genynnau RdRp ac E sensitifrwydd canfod dadansoddol uchel, tra bod gan y genyn N sensitifrwydd dadansoddol isel5.
Gall perfformiad asesiadau PCR amrywio yn dibynnu ar amrywiol ffactorau megis: adweithyddion echdynnu, adweithyddion ymhelaethu/canfod, dull echdynnu, ansawdd y peiriant PCR ac offerynnau eraill. Ym mis Ebrill 2020, mae mwy na 48 o ddyfeisiau diagnostig gwahanol o naw gwlad wedi derbyn Awdurdodiad Defnydd Brys (EUA) ar gyfer diagnosteg COVID-196. Yn Ethiopia, defnyddir mwy na 14 o lwyfannau PCR amser real ar gyfer canfod PCR o SARS-CoV-2 mewn 26 sefydliad iechyd cyhoeddus, gan gynnwys ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 a Quant-studio7. Yn ogystal, mae amrywiol becynnau prawf PCR ar gael, megis prawf Daan Gene, prawf Abbott SARS-CoV-2, prawf Sansure Biotech, a phrawf BGI SARS-CoV-2. Er bod rRT-PCR yn sensitif iawn, mae rhai cleifion â COVID-19 yn adrodd canlyniadau negyddol ffug oherwydd copïau annigonol o asid riboniwcleig firaol (RNA) mewn samplau oherwydd casglu, cludo, storio a thrin amhriodol, a phrofion labordy. amodau a gweithredoedd personél8. Yn ogystal, gall camdrin samplau neu reolaethau, gosod trothwy cylchred (Ct), a chroes-adweithedd gydag asidau niwclëig pathogenig eraill neu RNA SARS-CoV-2 anactif/gweddilliol arwain at ganlyniadau positif ffug mewn asesiadau rRT-PCR9. Felly, mae'n amlwg y gall profion PCR nodi cludwyr darnau genynnau yn wir, gan na allant hyd yn oed wahaniaethu rhwng genynnau firaol gwirioneddol weithredol, felly dim ond cludwyr y gall y profion eu nodi ac nid cleifion10. Felly, mae'n bwysig asesu perfformiad diagnostig gan ddefnyddio dulliau safonol yn ein lleoliad. Er bod llawer o adweithyddion NAAT ar gael yn Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia (EPHI) a ledled y wlad, nid oes unrhyw werthusiad cymharol o'u heffeithiolrwydd wedi'i adrodd eto. Felly, nod yr astudiaeth hon oedd gwerthuso perfformiad cymharol citiau sydd ar gael yn fasnachol ar gyfer canfod SARS-CoV-2 gan rRT-PCR gan ddefnyddio sbesimenau clinigol.
Cynhwyswyd cyfanswm o 164 o gyfranogwyr yr amheuwyd bod ganddynt COVID-19 yn yr astudiaeth hon. Roedd mwyafrif y samplau o ganolfannau triniaeth (118/164 = 72%), tra bod y 46 (28%) cyfranogwr sy'n weddill o ganolfannau nad ydynt yn driniaeth. Ymhlith y cyfranogwyr nad oeddent wedi cael eu trin yn y ganolfan, roedd gan 15 (9.1%) achosion yr amheuwyd eu bod yn glinigol ac roedd gan 31 (18.9%) gysylltiadau ag achosion wedi'u cadarnhau. Roedd naw deg tri (56.7%) o gyfranogwyr yn wrywod, ac oedran cymedrig (± SD) y cyfranogwyr oedd 31.10 (± 11.82) o flynyddoedd.
Yn yr astudiaeth hon, pennwyd cyfraddau positif a negatif pedwar prawf ar gyfer COVID-19. Felly, roedd cyfraddau positif prawf Abbott SARS-CoV-2, prawf Daan Gene 2019-nCoV, prawf SARS-CoV-2 BGI, a phrawf Sansure Biotech 2019-nCoV yn 59.1%, 58.5%, 57.9% a 55.5% yn y drefn honno. Roedd y sgoriau safon gyfeirio cyfansawdd (CRS) positif a negatif yn 97 (59.1%) a 67 (40.9%), yn y drefn honno (Tabl 1). Yn yr astudiaeth hon, roedd y diffiniad o CRS yn seiliedig ar y rheol "unrhyw ganlyniad positif", lle allan o bedwar canlyniad prawf, ystyriwyd bod dau neu fwy o ganlyniadau prawf a roddodd yr un canlyniad yn wirioneddol bositif neu'n negatif.
Yn yr astudiaeth hon, gwelsom gytundeb canrannol negyddol (NPA) o 100% (95% CI 94.6–100) ar gyfer pob dadansoddiad o'i gymharu â CRS. Dangosodd dadansoddiad Sansure Biotechnology PPA lleiafswm o 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ac roedd gan ddadansoddiad Daan Gene 2019-nCoV gytundeb cyffredinol o 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Mewn cyferbyniad, roedd y cytundeb cyffredinol rhwng yr assay SARS-CoV-2 BGI ac assay Sansure Biotech 2019-nCoV yn 98.8% a 96.3%, yn y drefn honno (Tabl 2).
Roedd cyfernod cytundeb kappa Cohen rhwng canlyniadau assay CRS ac Abbott SARS-CoV-2 yn gwbl gyson (K = 1.00). Yn yr un modd, mae gwerthoedd kappa Cohen a ganfuwyd gan Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, a Sansure Biotech 2019-nCoV hefyd yn gwbl gyson â CRS (K ≥ 0.925). Yn y dadansoddiad cymharol hwn, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf McNemar) fod canlyniadau assay Sansure Biotech 2019-nCoV yn sylweddol wahanol i ganlyniadau CRS (p = 0.031) (Tabl 2).
Fel y dangosir yn Ffig.1 roedd canran y gwerth Ct isaf (< 20 Ct) o brawf Abbott SARS-CoV-2 (genyn RdRp a N cyfunol) yn 87.6% a dangosodd gwerth Ct y genyn ORF1a/b o brawf Sansure Biotech 2019-nCoV fod canran y gwerth Ct isel (< 20 Ct) yn 50.3% a'r gwerth Ct uchel (36–40 Ct) yn 3.2%. 1 roedd canran y gwerth Ct isaf (< 20 Ct) o brawf Abbott SARS-CoV-2 (genyn RdRp a N cyfunol) yn 87.6% a dangosodd gwerth Ct y genyn ORF1a/b o brawf Sansure Biotech 2019-nCoV fod canran y gwerth Ct isel (< 20 Ct) yn 50.3% a'r gwerth Ct uchel (36–40 Ct) yn 3.2%.Fel y dangosir yn Ffig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) состачения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) состаченил, 87 зена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, ацент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, ацент низкого (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, canran y gwerth Ct isaf (< 20 Ct) dadansoddiad o Abbott SARS-CoV-2 (genyn cyfun RdRp ac N) oedd 87.6%, a dangosodd dadansoddiad gwerth Ct o genyn ORF1a/b o Sansure Biotech 2019-nCoV fod canran y gwerth Ct isel (< 20 Ct) yn cyfrif am 50.3%, a bod Ct gwerth uchel (36–40 Ct) yn cyfrif am 3.2%.如图1所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比 (< 20 Ct） ）technoleg ） 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36)–4 Ct值(36) tua 3.2%. Fel y dangosir yn Ffigur 1, y ganran gwerth Ct isaf (< 20 Ct) o brawf Abbott SARS-CoV-2 (cyfuniad o'r genyn RdRp ac N) yw 87.6%, mae gwerth Ct y genyn ORF1a/b o brawf Sansure Biotech 2019-nCoV yn dangos canran Ct isel (< 20 Ct) yw 50.3%, a chanran Ct isel (36–40 Ct) yw 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое проци Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b yn исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Fel y dangosir yn Ffigur 1, yr assay Abbott SARS-CoV-2 (sy'n cyfuno'r genynnau RdRp ac N) oedd â'r gwerth Ct canrannol isaf (< 20 Ct) sef 87.6%, tra bod gwerth Ct y genyn ORF1a/b yn astudiaeth Sansure Biotech 2019 – Dangosodd y dadansoddiad o nCoV Ct isel. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Roedd canran y gwerthoedd (< 20 Ct) yn 50.3%, a chanran y gwerthoedd Ct uchel (36–40 Ct) oedd 3.2%.Cofnododd prawf Abbott SARS-CoV-2 B werthoedd Ct uwchlaw 30. Ar y llaw arall, ar brawf SARS-CoV-2 BGI roedd gan y genyn ORF1a/b werth Ct uchel (> 36 Ct) ac roedd y ganran yn 4% (Ffig. 1). Ar y llaw arall, ar brawf SARS-CoV-2 BGI roedd gan y genyn ORF1a/b werth Ct uchel (> 36 Ct) ac roedd y ganran yn 4% (Ffig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которагол со4 (% 1). Ar y llaw arall, yn y dadansoddiad o'r genyn SARS-CoV-2 BGI roedd gan ORF1a/b werth Ct uchel (> 36 Ct), a chanran ohono oedd 4% (Ffig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（ Ar y llaw arall, wrth ganfod SARS-CoV-2 BGI, mae canran y genyn ORF1a/b â gwerth Ct uchel (>36 Ct) yn 4% (Ffigur 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (>). Ar y llaw arall, yn y dadansoddiad BGI SARS-CoV-2, roedd canran y genynnau ORF1a/b â gwerthoedd Ct uchel (>36 Ct) yn 4% (Ffig. 1).
Yn yr astudiaeth hon, cymerwyd 164 o samplau nasopharyngeal. Ar gyfer pob math o assays, perfformiwyd ynysu ac ymhelaethu RNA gan ddefnyddio'r dulliau a'r pecynnau a argymhellwyd gan y gwneuthurwyr priodol.
Dangosodd yr astudiaeth hon fod gan brawf Abbott ar gyfer SARS-CoV-2 yr un perfformiad canfod â CRS, gyda chytundeb 100% positif, negatif, a chyffredinol. Mae cytundeb kappa Cohen yn 1.00, sy'n dynodi cytundeb llawn â CRS. Canfu astudiaeth debyg gan Brifysgol Washington yn yr Unol Daleithiau fod sensitifrwydd a phenodoldeb cyffredinol prawf Abbott ar gyfer SARS-CoV-2 yn 93% a 100%, yn y drefn honno, o'i gymharu â'r assay a bennwyd gan labordy (LDA) y CDC. 11. Mae system ganfod Abbott SARS-CoV-2 yn seiliedig ar ganfod cyfun ar yr un pryd o'r genynnau N ac RdRp, gan fod y ddau enyn yn fwy sensitif, gan leihau negatifau ffug12. Dangosodd astudiaeth yn Fienna, Awstria hefyd fod cyfeintiau sampl echdynnu mawr a chyfeintiau eluent canfod yn lleihau effeithiau gwanhau ac yn cynyddu effeithlonrwydd canfod13. Felly, gellir cysylltu cyfatebiaeth berffaith Abbott ar gyfer yr assay SARS-CoV-2 â system ganfod platfform sy'n canfod genynnau cyfuniadol ar yr un pryd, yn echdynnu nifer fawr o samplau (0.5 ml), ac yn defnyddio llawer iawn o eluent (40 µl).
Dangosodd ein canlyniadau hefyd fod perfformiad canfod prawf genetig Daan bron yr un fath â pherfformiad canfod CRS. Mae hyn yn gyson ag astudiaeth14 a gynhaliwyd ym Mhrifysgol Anhui yn Huainan, Tsieina, a honiad y gwneuthurwr o gytundeb positif 100%. Er gwaethaf adroddiadau o ganlyniadau cyson, roedd un sampl yn negatif ffug ar ôl ailbrofi'r un eluate, ond roedd yn bositif yn asesiadau Abbott SARS-CoV-2 a Sansure Biotech nCoV-2019. Mae hyn yn awgrymu y gallai fod amrywioldeb mewn canlyniadau ar draws gwahanol fathau o asesiadau. Serch hynny, yn yr astudiaeth a gynhaliwyd yn Tsieina15, roedd canlyniad yr assay Daan Gene yn sylweddol wahanol (p < 0.05) o'i gymharu â'u hasesiad cyfeirio a ddiffiniwyd gan y labordy. Serch hynny, yn yr astudiaeth a gynhaliwyd yn Tsieina15, roedd canlyniad yr assay Daan Gene yn sylweddol wahanol (p < 0.05) o'i gymharu â'u hasesiad cyfeirio a ddiffiniwyd gan y labordy. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (5)
(5) лабораторного италоного анализа. Fodd bynnag, mewn astudiaeth yn Tsieina15, roedd canlyniad dadansoddiad Daan Gene yn sylweddol wahanol (p < 0.05) o'u dadansoddiad cyfeirio labordy.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的cliciwch i weld mwy o luniau o ddelweddau o luniau < 0.05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测cliciwch i weld mwy o luniau o lygad y ffynnon <0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отлсиь (5) < сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Fodd bynnag, mewn astudiaeth yn Tsieina15, roedd canlyniadau prawf genetig Daan yn sylweddol wahanol (p < 0.05) o'i gymharu â'i brawf labordy cyfeirio.Gall yr anghysondeb hwn fod oherwydd sensitifrwydd y prawf cyfeirio i ganfod SARS-CoV-2, a gall astudiaethau pellach fod yn bwysig i benderfynu ar yr achos.
Yn ogystal, gwerthusodd ein hastudiaeth berfformiad cymharol yr assay SARS-CoV-2 BGI gyda CRS, gan ddangos cytundeb canrannol positif rhagorol (PPA = 97.9%), cytundeb canrannol negyddol (NPA = 100%), a chytundeb canrannol cyffredinol yn ôl rhyw (OPA). = 98.8%). Dangosodd gwerthoedd Kappa Cohen gytundeb da (K = 0.975). Mae astudiaethau yn yr Iseldiroedd16 a Tsieina15 wedi dangos canlyniadau cyson. Prawf canfod genyn sengl (ORF1a/b) yw prawf SARS-CoV-2 BGI gan ddefnyddio 10 µl o eluate ymhelaethu/canfod. Er gwaethaf cytundeb ystadegol da â'n canlyniadau cyfeirio, collodd y dadansoddiad ddau sampl positif (1.22%) o'r sampl gyfan. Gall hyn gael goblygiadau clinigol enfawr ar gyfer deinameg trosglwyddo ar lefel y claf a'r gymuned.
Dadansoddiad cymharol arall a gynhwyswyd yn yr astudiaeth hon oedd assay Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); roedd y ganran baru gyffredinol yn 96.3%. Penderfynwyd cryfder y cytundeb hefyd gan werth Kappa Cohen, a oedd yn 0.925, sy'n dangos cytundeb llawn â'r CRS. Unwaith eto, mae ein canlyniadau'n union yr un fath ag astudiaethau a gynhaliwyd ym Mhrifysgol Central South yn Changsha, Tsieina, ac yn Adran Labordy Clinigol Ysbyty Pobl Liuzhou, Dinas Liuzhou, Tsieina17. Er bod y cytgord ystadegol da uchod wedi'i gofnodi, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf MacNemar) fod canlyniad yr assay Sansure Biotech wedi gwneud gwahaniaeth ystadegol arwyddocaol o'i gymharu â CRS (p < 0.005). Er bod y cytgord ystadegol da uchod wedi'i gofnodi, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf MacNemar) fod canlyniad yr assay Sansure Biotech wedi gwneud gwahaniaeth ystadegol arwyddocaol o'i gymharu â CRS (p < 0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, крветидихие (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое разпльтат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое разпличи 0,005). Er bod y cytundeb ystadegol da uchod wedi'i gofnodi, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf McNemar) fod gwahaniaeth ystadegol arwyddocaol yng nghanlyniad yr assay Sansure Biotech o'i gymharu â'r CRS (p < 0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明, Sansure Biotech 暄绀测暜瓸相比具有统计学显着差异（p <0.005）。尽管计记录了上述良好统计一致性，但检验（ macnemar 检验表明，, sansure biotechnoleg 怎怎 ， sansure biotechnoleg相比具有显着（（（p<0.005。。。。。。。。。。。。。。。〉）） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерипалома) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech a CRS. Er gwaethaf y cytundeb ystadegol da a nodwyd uchod, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf McNemar) wahaniaeth ystadegol arwyddocaol (p < 0.005) rhwng yr assay Sansure Biotech a'r CRS.Canfuwyd bod chwe sampl (3.66%) yn negatifau ffug o'u cymharu â CRS (Tabl Atodol 1); mae hyn yn bwysig iawn, yn enwedig o ystyried dynameg trosglwyddo'r firws. Mae'r data uchod hefyd yn cefnogi'r gyfradd ganfod isel hon15.
Yn yr astudiaeth hon, pennwyd gwerthoedd Ct ar gyfer pob assay a llwyfan perthnasol, gyda'r gwerth Ct cymedrig isaf wedi'i adrodd yn assay Abbott SARS-CoV-2. Gall y canlyniad hwn fod yn gysylltiedig â system brofi genetig gyfunol ar yr un pryd Abbott ar gyfer canfod SARS-CoV-2. Felly, yn ôl Ffigur 1, roedd gan 87.6% o ganlyniadau Abbott SARS-CoV-2 werthoedd Ct islaw 20. Dim ond nifer fach o ganlyniadau sampl (12.4%) oedd yn yr ystod 20-30. Ni chofnodwyd gwerthoedd Ct uwchlaw 30. Yn ogystal â defnydd Abbott o fformat profi genetig panel SARS-CoV-2, gall y canlyniad hwn fod yn gysylltiedig â'r terfyn canfod is (32.5 copi RNA/mL)18, sydd dair gwaith yn is na therfyn isaf y cwmni o 100 copi RNA/mL. ml)19.
Mae gan yr astudiaeth hon rai cyfyngiadau: yn gyntaf, nid oes gennym ddulliau safonol/cyfeirnod [megis llwyth firaol neu brofion labordy eraill (LDA)] oherwydd diffyg adnoddau. Yn ail, swabiau nasopharyngeal oedd yr holl sbesimenau a ddefnyddiwyd yn yr astudiaeth hon, tra nad oedd y canlyniadau'n berthnasol i fathau eraill o sbesimenau, ac yn drydydd, roedd maint ein sampl yn fach.
Cymharodd yr astudiaeth hon berfformiad pedwar prawf rRT-PCR ar gyfer SARS-CoV-2 gan ddefnyddio samplau nasopharyngeal. Roedd gan bob prawf canfod berfformiad bron yn gymharol, ac eithrio prawf Sansure Biotech. Heblaw, nodwyd y gyfradd bositifrwydd isel yn yr assay Sansure Biotech o'i gymharu â'r CRS (p < 0.05). Heblaw, nodwyd y gyfradd bositifrwydd isel yn yr assay Sansure Biotech o'i gymharu â'r CRS (p < 0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению < с CRS,5. Yn ogystal, dangosodd prawf Sansure Biotech ganran isel o ganlyniadau positif o'i gymharu â CRS (p < 0.05).此外, 与 CRS 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外, 与 CRS 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению < с CRS,5. Yn ogystal, roedd gan brawf Sansure Biotech gyfradd bositifrwydd is o'i gymharu â CRS (p < 0.05).Roedd dadansoddiad Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) o PPA, NPA a chytundeb cyffredinol yn fwy na 93.5% gyda gwerth cytundeb cryfder Cohen Kappa o 0.925. Yn olaf, mae angen dilysu Prawf Biotech Sansure (RUO) ymhellach i'w ddefnyddio yn Ethiopia, a dylid ystyried ymchwil ychwanegol i werthuso honiadau gan weithgynhyrchwyr unigol.
Cynhaliwyd dyluniad astudiaeth gymharol mewn pedwar cyfleuster iechyd yn Addis Ababa, Ysbyty Eka Kotebe, Canolfan Triniaeth Eglwys y Mileniwm, Ysbyty Coffa Zewooditu, ac Ysbyty Arbenigol Twbercwlosis Sant Pedr. Casglwyd y data rhwng Rhagfyr 1 a 31, 2020. Dewiswyd y cyfleusterau meddygol ar gyfer yr astudiaeth hon yn bwrpasol yn seiliedig ar eu nifer uchel o achosion ac argaeledd canolfannau triniaeth mawr yn y ddinas. Yn yr un modd, dewiswyd offerynnau, gan gynnwys yr offerynnau PCR amser real ABI 7500 ac Abbott m2000, yn unol ag argymhellion gweithgynhyrchwyr adweithyddion NAAT, a dewiswyd pedwar pecyn canfod PCR ar gyfer yr astudiaeth hon, gan fod y rhan fwyaf o labordai yn Ethiopia wedi defnyddio o leiaf bedwar ohonynt. Prawf genynnau, prawf Abbott SARS-CoV-2, prawf Sansure Biotech, a phrawf BGI SARS-CoV-2 a gynhaliwyd yn ystod yr astudiaeth.
Perfformiwyd profion ar gyfer SARS-CoV-2 rhwng 1 a 30 Rhagfyr 2020 gan ddefnyddio 3 ml o Gyfrwng Cludiant Firaol (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Tsieina) gan unigolion oedd dan ymchwiliad am COVID-19 a gyfeiriwyd at EPHI. Casglwyd samplau nasopharyngeal gan gasglwyr samplau hyfforddedig a'u hanfon at EPHI mewn pecynnau triphlyg. Cyn ynysu asid niwclëig, rhoddir rhif adnabod unigryw i bob sampl. Perfformir echdynnu o bob sampl yn syth ar ôl cyrraedd gan ddefnyddio dulliau echdynnu â llaw ac awtomatig. Felly, ar gyfer echdynnu Abbott m2000 yn awtomatig, echdynnwyd 1.3 ml (gan gynnwys 0.8 ml o gyfaint marw a 0.5 ml o gyfaint mewnfa echdynnu) o'r sampl o bob sampl a'i basio trwy System Paratoi Sampl DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, UDA). ) Cynhwyswyd swp o 96 [92 sampl, dau reolaeth canfod a dau reolaeth di-dempled (NTC)] yn y broses gyffredinol (adfer a chanfod) o ddwy rownd o SARS-CoV-2 (EUA) mewn amser real. mwyngloddio. Yn yr un modd, ar gyfer echdynnu â llaw, defnyddiwch yr un samplau (ar gyfer echdynnu a darganfod awtomatig). Felly, drwy gydol y broses, rhannwyd a echdynnwyd 140 µl o samplau gan ddefnyddio'r Pecyn Mini RNA Firaol QIAamp (QIAGEN GmbH, Hilden, yr Almaen) mewn sypiau o 24 (gan gynnwys 20 sampl, dau reolaeth assay a dau NTC) dros naw rownd. Mwyhawyd a chanfuwyd yr eluadau a echdynnwyd â llaw gan ddefnyddio cylchwr thermol ABI 7500 gan ddefnyddio assay BGI SARS-CoV-2, assay Daan Gene, ac assay Sansure Biotech.
Mae ynysu a phuro awtomataidd RNA firaol SARS-CoV-2 yn dilyn egwyddor gleiniau magnetig gan ddefnyddio adweithyddion paratoi samplau DNA Abbott. Caiff samplau eu hanactifadu a gronynnau firaol eu hydoddi gan ddefnyddio glanedydd sy'n cynnwys isothiocyanate guanidine i ddadnatureiddio'r protein ac anactifadu RNase. Yna caiff yr RNA ei wahanu oddi wrth y protein trwy wahanu cyfnod solet gan ddefnyddio silica, h.y. mae'r halen guanidinium ac mae pH alcalïaidd y byffer lysis yn hyrwyddo rhwymo'r asidau niwclëig i'r silica (SiO2). Mae'r cam rinsio yn tynnu proteinau a malurion sy'n weddill i gynhyrchu hydoddiant clir. Caiff RNA tryloyw ei ynysu o ficroronynnau sy'n seiliedig ar silica gan ddefnyddio maes magnetig yr offeryn20,21. Ar y llaw arall, caiff RNA ei ynysu a'i buro â llaw gan ddefnyddio'r dull colofn nyddu gan ddefnyddio allgyrchu yn lle stondin magnetig a gwahanu microronynnau o'r eluent.
Perfformiwyd Prawf Canfod SARS-CoV-2 Amser Real Abbott (Abbott Molecular, Inc.) yn unol â chyfarwyddiadau'r gwneuthurwr, a dderbyniodd EUA19,22 gan y WHO a'r FDA. Yn y protocol hwn, perfformiwyd anactifadu sampl cyn echdynnu mewn baddon dŵr ar 56 °C am 30 munud. Ar ôl anactifadu'r firws, perfformiwyd echdynnu asid niwclëig ar offeryn Abbott m2000 SP o 0.5 ml o VTM gan ddefnyddio system paratoi sampl DNA Abbott m2000. yn ôl y gwneuthurwr. Perfformiwyd ymhelaethu a chanfod gan ddefnyddio offeryn RT-PCR Abbott m2000, a pherfformiwyd canfod deuol ar gyfer y genynnau RdRp ac N. ROX) a VIC P (lliw perchnogol) ar gyfer targedu a chanfod rheolaethau mewnol, gan ganiatáu canfod y ddau gynnyrch ymhelaethu ar yr un pryd 19.
Mae dull canfod ymhelaethiad y pecyn hwn yn seiliedig ar dechnoleg RT-PCR un cam. Dewiswyd y genynnau ORF1a/b ac N fel rhanbarthau cadwedig gan Daan Gene Technology i ganfod ymhelaethiad rhanbarth targed. Dyluniwyd primerau penodol a phrobiau fflwroleuol (probiau genyn N wedi'u labelu â FAM, probiau ORF1a/b wedi'u labelu â VIC) i ganfod RNA SARS-CoV-2 mewn samplau. Paratowyd yr eluent terfynol a'r cymysgeddau meistr trwy ychwanegu 5 µl o eluent at 20 µl o'r cymysgedd meistr i gyfaint terfynol o 25 µl. Perfformiwyd ymhelaethiad a chanfod ar yr un pryd ar offeryn PCR amser real ABI 750024.
Canfuwyd y genynnau ORF1a/b ac N gan ddefnyddio Pecyn Diagnostig Asid Niwcleig nCoV-2019 Sansure Biotech (canfod PCR fflwroleuol). Paratowch brobiau penodol ar gyfer pob genyn targed trwy ddewis y sianel FAM ar gyfer rhanbarth ORF1a/b a'r sianel ROX ar gyfer y genyn N. I'r pecyn assay hwn, ychwanegir adweithyddion eluent a chymysgedd meistr fel a ganlyn: paratowch 30 µl o adweithydd cymysgedd meistr a 20 µl o sampl wedi'i elutio ar gyfer canfod/helaethu. Defnyddiwyd PCR amser real ABI 750025 ar gyfer mwyhau/canfod.
Mae prawf SARS-CoV-2 BGI yn becyn rRT-PCR amser real fflwroleuol ar gyfer diagnosio COVID-19. Mae'r rhanbarth targed wedi'i leoli yn rhanbarth ORF1a/b genom SARS-CoV-2, sy'n ddull canfod genyn sengl. Yn ogystal, mae'r genyn cadw tŷ dynol β-actin yn enyn targed a reoleiddir yn fewnol. Mae'r cymysgedd meistr yn cael ei baratoi trwy gymysgu 20 µl o'r adweithydd cymysgedd meistr a 10 µl o'r sampl RNA a echdynnwyd mewn plât ffynnon26. Defnyddiwyd offeryn PCR amser real meintiol fflwroleuol ABI 7500 ar gyfer ymhelaethu a chanfod. Perfformiwyd yr holl ymhelaethu asid niwclëig, amodau rhedeg PCR ar gyfer pob assay, a dehongli canlyniadau yn unol â chyfarwyddiadau'r gwneuthurwr priodol (Tabl 3).
Yn y dadansoddiad cymharol hwn, ni wnaethom ddefnyddio'r dull safonol cyfeirio i bennu canran y cytundeb (positif, negatif, a chyffredinol) a pharamedrau cymharu eraill ar gyfer y pedwar dadansoddiad. Gwnaed pob cymhariaeth prawf gyda CRS, yn yr astudiaeth hon gosodwyd y CRS gan y rheol "unrhyw bositif" a phennwyd y canlyniad, nid gan un prawf, defnyddiwyd o leiaf ddau ganlyniad prawf cyfatebol. Yn ogystal, yn achos trosglwyddiad COVID-19, mae canlyniadau negatif ffug yn fwy peryglus na chanlyniadau positif ffug. Felly, i ddweud "positif" mor gywir â phosibl o ganlyniad CRS, rhaid i o leiaf ddau brawf assay fod yn bositif, sy'n golygu bod o leiaf un canlyniad positif yn debygol o ddod o assay EUA. Felly, allan o bedwar canlyniad prawf, ystyrir bod dau neu fwy o ganlyniadau prawf sy'n rhoi'r un canlyniad yn wirioneddol bositif neu'n negatif18,27.
Casglwyd data gan ddefnyddio ffurflenni echdynnu data strwythuredig, perfformiwyd mewnbwn a dadansoddiad data gan ddefnyddio meddalwedd ystadegol Excel a SPSS fersiwn 23.0 ar gyfer ystadegau disgrifiadol. Dadansoddwyd cytundeb positif, negatif, a chanran gyffredinol, a defnyddiwyd sgôr Kappa i bennu graddfa cytundeb pob dull â CRS. Dehonglir gwerthoedd Kappa fel a ganlyn: 0.01 i 0.20 ar gyfer cytundeb ysgafn, 0.21 i 0.40 ar gyfer cytundeb cyffredinol, 0.41-0.60 ar gyfer cytundeb cymedrol, 0.61-0.80 ar gyfer cytundeb mawr a 0.81-0.99 ar gyfer cytundeb llwyr28.
Cafwyd caniatâd moesegol gan Brifysgol Addis Ababa a chymeradwywyd yr holl brotocolau arbrofol ar gyfer yr astudiaeth hon gan Fwrdd Adolygu Moeseg Wyddonol Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia. Y rhif cyfeirnod ar gyfer Trwydded Moeseg EPHI yw EPHI/IRB-279-2020. Cymhwyswyd yr holl ddulliau yn unol ag argymhellion a darpariaethau Canllawiau Cynhwysfawr Cenedlaethol Ethiopia ar gyfer Trin COVID-19. Yn ogystal, cafwyd caniatâd gwybodus ysgrifenedig gan bob cyfranogwr yn yr astudiaeth cyn cymryd rhan yn yr astudiaeth.
Mae'r holl ddata a gafwyd neu a ddadansoddwyd yn yr astudiaeth hon wedi'i gynnwys yn yr erthygl gyhoeddedig hon. Mae data sy'n cefnogi canlyniadau'r astudiaeth hon ar gael gan yr awdur perthnasol ar gais rhesymol.
Sefydliad Iechyd y Byd. Argymhellion ar gyfer Strategaethau Profi Labordy ar gyfer COVID-19: Canllawiau Dros Dro, 21 Mawrth, 2020 Rhif WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. a Gourgoulianis, KI Diagnosis clyfar COVID-19 yn yr Adran Achosion Brys: Popeth ar waith. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. a Gourgoulianis, KI Diagnosis clyfar COVID-19 yn yr Adran Achosion Brys: Popeth ar waith.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. a Gurgulianis, KI Diagnosis deallus o COVID-19 yn yr adran achosion brys: popeth ar waith.Muliou DS, Pantazopoulos I. a Gurgulyanis KI Diagnosis deallus o COVID-19 mewn adrannau brys: integreiddio o'r dechrau i'r diwedd mewn ymarfer. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL a St George, K. Gwerthusiad o brawf COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL a St George, K. Gwerthusiad o brawf COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL a St. George, K. Gwerthusiad o brawf COVID19 ID NOW EUA.Mitchell SL a St. George K. Gwerthusiad o brawf COVID19 ID NOW EUA. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Canfod clefyd y coronafeirws 2019 (COVID-19) mewn labordy mewn clefyd dynol a amheuir. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (cyrchwyd 15 Awst 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. ac eraill. Diagnosis COVID-19: Clefydau ac Offer Profi. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Sefydlu Coleg Patholegwyr Dwyrain, Canol a De Affrica – Ysgol Ranbarthol Patholeg y Dwyrain Canol a De Affrica. Affrica. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia, Weinyddiaeth Iechyd Ffederal. Strategaeth a Chanllawiau Cenedlaethol Dros Dro ar gyfer Diagnosis Labordy o COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (cyrchwyd 12 Awst 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. a Kesselheim, AS Profion negyddol ffug ar gyfer heriau a goblygiadau haint SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. a Kesselheim, AS Profion negyddol ffug ar gyfer heriau a goblygiadau haint SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim AS Profion negatif ffug ar gyfer heintiau SARS-CoV-2 a'u canlyniadau.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim AS Profion negatif ffug ar gyfer ysgogiad ac effaith haint SARS-CoV-2. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS a Gourgoulianis, KI Achosion COVID-19 positif-ffug a negatif-ffug: Strategaethau atal a rheoli anadlol, brechu, a safbwyntiau pellach. Mouliou, DS a Gourgoulianis, KI Achosion COVID-19 positif-ffug a negatif-ffug: Strategaethau atal a rheoli anadlol, brechu, a safbwyntiau pellach. Mouliou, DS a Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профикила лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS a Gourgoulianis, KI Achosion positif ffug a negatif ffug o COVID-19: strategaethau atal a thrin anadlol, brechu a'r ffordd ymlaen.Muliu, DS a Gurgulianis, KI Achosion positif-ffug a negatif-ffug o COVID-19: strategaethau ar gyfer atal a thrin anadlol, brechu a'r ffordd ymlaen. Expert Respected Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. a Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 yn yr adran achosion brys: Gweld y goeden ond colli'r goedwig. Mouliou, DS, Ioannis, P. a Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 yn yr adran achosion brys: Gweld y goeden ond colli'r goedwig.Mouliou, DS, Ioannis, P. a Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 yn yr Adran Achosion Brys: Gweld y Goeden, Colli'r Goedwig.Muliou DS, Ioannis P., a Konstantinos G. Diagnosis COVID-19 mewn Ystafelloedd Brys: Dim Digon o Goedwig i'r Coed. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Dilysu a Dilysu Perfformiad Dadansoddol a Chlinigol Prawf Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ac Aflatoonian, B. Cymhariaeth o bum set o brimwyr o wahanol ranbarthau genom COVID-19 ar gyfer canfod haint firws trwy RT-PCR confensiynol. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ac Aflatoonian, B. Cymhariaeth o bum set o brimwyr o wahanol ranbarthau genom COVID-19 ar gyfer canfod haint firws trwy RT-PCR confensiynol.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ac Aflatunyan, B. Cymhariaeth o bum set o brimerau o wahanol ranbarthau o genom COVID-19 ar gyfer canfod haint firaol trwy RT-PCR confensiynol. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ac Aflatoonian, B. Cymhariaeth o 5 rhanbarth genetig gwahanol o COVID-19 ar gyfer canfod haint firaol gan RT-PCR confensiynol.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ac Aflatunyan B. Cymhariaeth o bum set o brimwyr o wahanol ranbarthau o genom COVID-19 ar gyfer canfod haint firaol trwy RT-PCR confensiynol.Iran. J. Microbioleg. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Canlyniadau rhagarweiniol y rhaglen asesu ansawdd allanol genedlaethol ar gyfer canfod dilyniannau genom SARS-CoV-2. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Gwerthusiad Dadansoddol o Effeithiolrwydd Pum Pecyn RT-PCR ar gyfer Syndrom Anadlol Acíwt Difrifol Coronafeirws 2. J. Clinical. labordy. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Gwerthusiad o saith pecyn canfod RNA SARS-CoV-2 sydd ar gael yn fasnachol yn Tsieina yn seiliedig ar adwaith cadwyn polymerase (PCR) amser real. clinigol. cemegol. labordy. meddygaeth. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Cymhariaeth o saith pecyn diagnostig COVID-19 RT-PCR masnachol. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Cymhariaeth o berfformiad diagnostig dau becyn PCR ar gyfer canfod asidau niwclëig SARS-CoV-2. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, ac ati. Dangosodd astudiaeth gymharol o bedwar platfform profi ymhelaethu asid niwclëig (NAAT) SARS-CoV-2 fod perfformiad ID NOW wedi dirywio'n sylweddol yn dibynnu ar y claf a'r math o sampl. diagnosis. microbioleg. Infect. dissertation. 99(1), 115200 (2021).
Moleciwl Abbott. Mewnosodiad pecyn dadansoddiad SARS-CoV-2 amser real Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Hyd at 10 Awst, 2020) (2020).
Klein, S. et al. Ynysu RNA SARS-CoV-2 gan ddefnyddio gleiniau magnetig ar gyfer canfod cyflym ar raddfa fawr gan RT-qPCR ac RT-LAMP. Firws 12(8), 863 (2020).