Perfformiad pedwar asesiad chwyddo asid niwclëig i nodi SARS-CoV-2 yn Ethiopia

Diolch am ymweld â Nature.com. Rydych chi'n defnyddio fersiwn porwr gyda chefnogaeth CSS gyfyngedig. I gael y profiad gorau, rydym yn argymell eich bod yn defnyddio porwr wedi'i ddiweddaru (neu analluogi Modd Cydnawsedd yn Internet Explorer). Yn ogystal, er mwyn sicrhau cefnogaeth barhaus, rydym yn dangos y wefan heb arddulliau a JavaScript.
Yn arddangos carwsél o dri sleid ar unwaith. Defnyddiwch y botymau Blaenorol a Nesaf i symud trwy dri sleid ar y tro, neu defnyddiwch y botymau llithrydd ar y diwedd i symud trwy dri sleid ar y tro.
Ers yr achosion o glefyd coronafirws 2019 (COVID-19), mae llawer o brofion mwyhau asid niwclëig masnachol (NAATs) wedi'u datblygu ledled y byd ac wedi dod yn brofion safonol. Er bod sawl prawf wedi'u datblygu'n gyflym a'u cymhwyso i brofion diagnostig labordy, nid yw perfformiad y profion hyn wedi'i werthuso mewn amrywiaeth o leoliadau. Felly, nod yr astudiaeth hon oedd gwerthuso perfformiad profion Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI, a Sansure Biotech gan ddefnyddio'r Safon Cyfeirio Cyfansawdd (CRS). Cynhaliwyd yr astudiaeth yn Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia (EPHI) rhwng 1 a 30 Rhagfyr 2020. Echdynnwyd 164 o samplau nasopharyngeal gan ddefnyddio pecyn mini QIAamp RNA a system paratoi sampl DNA Abbott. O'r 164 o sbesimenau, roedd 59.1% yn gadarnhaol a 40.9% yn negyddol ar gyfer CRS. Roedd positifrwydd Sansure Biotech yn sylweddol isel o gymharu â CRS (p < 0.05). Roedd positifrwydd Sansure Biotech yn sylweddol isel o gymharu â CRS (p < 0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Roedd canlyniadau cadarnhaol Sansure Biotech yn sylweddol is o gymharu â CRS (p < 0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech。）与CRS 相比，Sansure Biotech。） У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Cafodd Sansure Biotech gryn dipyn yn llai o ganlyniadau cadarnhaol o gymharu â CRS (p < 0.05).Roedd cytundeb cyffredinol y pedwar dadansoddiad yn 96.3–100% o gymharu â CRS. Yn ogystal â chyfradd bositifrwydd isel assay Sansure Biotech, roedd perfformiad y pedwar asesiad bron yn debyg. O'r herwydd, mae angen dilysiad ychwanegol ar assay Sansure Biotech [Ymchwil yn Unig (RUO)] i'w ddefnyddio yn Ethiopia. Yn olaf, dylid ystyried ymchwil ychwanegol i werthuso profion gyda honiadau gwneuthurwr priodol.
Mae profion labordy yn rhan o Gynllun Strategol Sefydliad Iechyd y Byd (WHO) ar gyfer Clefyd Coronafeirws 2019 (COVID-19) Parodrwydd ac Ymateb (SPRP). Mae WHO yn cynghori bod angen i wledydd feithrin gallu labordy i wella parodrwydd, rheoli achosion yn iawn, gwyliadwriaeth ac ymateb cyflym i heriau iechyd y cyhoedd. Mae hyn yn awgrymu bod rôl y labordy yn allweddol i nodweddu clefyd ac epidemioleg asiantau heintus sy'n dod i'r amlwg a rheoli eu lledaeniad.
Mae gwneud diagnosis o COVID-19 yn gofyn am wybodaeth epidemiolegol a meddygol, symptomau/arwyddion personol, a data radiograffeg a labordy2. Ers adrodd am yr achosion o COVID-19 yn Wuhan, Tsieina, mae llawer o brofion mwyhau asid niwclëig masnachol (NAATs) wedi'u datblygu ledled y byd. Mae adwaith cadwynol polymeras trawsgrifio gwrthdro amser real (rRT-PCR) wedi'i ddefnyddio fel dull arferol a safonol ar gyfer diagnosis labordy o haint syndrom anadlol acíwt difrifol 2 (SARS-CoV-2)3. Mae canfod moleciwlaidd SARS-CoV-2 yn nodweddiadol yn seiliedig ar y genynnau N (genyn protein niwcleocapsid), E (genyn protein amlen), a RdRp (genyn polymeras RNA sy'n ddibynnol ar RNA) yn ORF1a / b (ffrâm darllen agored 1a / b) . genyn) rhanbarth a nodwyd o'r genom firaol. Ystyrir mai dyma'r prif ranbarthau gwarchodedig a geir mewn genomau firaol ar gyfer adnabod firysau4. Ymhlith y genynnau hyn, mae gan y genynnau RdRp ac E sensitifrwydd canfod dadansoddol uchel, tra bod gan y genyn N sensitifrwydd dadansoddol isel5.
Gall perfformiad profion PCR amrywio yn dibynnu ar wahanol ffactorau megis: adweithyddion echdynnu, adweithyddion ymhelaethu / canfod, dull echdynnu, ansawdd y peiriant PCR ac offerynnau eraill. Ym mis Ebrill 2020, mae mwy na 48 o wahanol ddyfeisiau diagnostig o naw gwlad wedi derbyn Awdurdodiad Defnydd Brys (EUA) ar gyfer diagnosteg COVID-196. Yn Ethiopia, defnyddir mwy na 14 o lwyfannau PCR amser real ar gyfer canfod PCR o SARS-CoV-2 mewn 26 o sefydliadau iechyd cyhoeddus, gan gynnwys ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 a Quant-studio7. Yn ogystal, mae amrywiol gitiau prawf PCR ar gael, megis prawf Daan Gene, prawf Abbott SARS-CoV-2, prawf Sansure Biotech, a phrawf BGI SARS-CoV-2. Er bod rRT-PCR yn sensitif iawn, mae rhai cleifion â COVID-19 yn adrodd am ganlyniadau negyddol ffug oherwydd nad oes digon o gopïau o asid riboniwcleig firaol (RNA) mewn samplau oherwydd casglu, cludo, storio a thrin amhriodol, a phrofion labordy. amodau a gweithredoedd personél8. Yn ogystal, gall cam-drin samplu neu reoli, gosod trothwy beicio (Ct), a thraws-adweithedd ag asidau niwclëig pathogenig eraill neu RNA SARS-CoV-2 anactif/gweddilliol arwain at ganlyniadau positif ffug mewn profion rRT-PCR9. Felly, mae'n amlwg y gall profion PCR nodi cludwyr darnau genynnau, gan na allant hyd yn oed wahaniaethu rhwng genynnau firaol gwirioneddol weithgar, felly dim ond cludwyr y gall y profion eu nodi ac nid cleifion10. Felly, mae'n bwysig asesu perfformiad diagnostig gan ddefnyddio dulliau safonol yn ein lleoliad. Er bod llawer o adweithyddion NAAT ar gael yn Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia (EPHI) a ledled y wlad, nid oes unrhyw werthusiad cymharol o'u heffeithiolrwydd wedi'i adrodd eto. Felly, nod yr astudiaeth hon oedd gwerthuso perfformiad cymharol citiau sydd ar gael yn fasnachol ar gyfer canfod SARS-CoV-2 gan rRT-PCR gan ddefnyddio sbesimenau clinigol.
Cafodd cyfanswm o 164 o gyfranogwyr yr amheuir eu bod yn COVID-19 eu cynnwys yn yr astudiaeth hon. Daeth mwyafrif y samplau o ganolfannau triniaeth (118/164 = 72%), tra bod y 46 (28%) o gyfranogwyr sy'n weddill o ganolfannau di-driniaeth. Ymhlith y cyfranogwyr na chawsant eu trin yn y ganolfan, roedd gan 15 (9.1%) achosion a amheuir yn glinigol ac roedd gan 31 (18.9%) gysylltiadau o achosion a gadarnhawyd. Roedd naw deg tri (56.7%) o gyfranogwyr yn ddynion, ac oedran cymedrig (± SD) y cyfranogwyr oedd 31.10 (± 11.82) o flynyddoedd.
Yn yr astudiaeth hon, pennwyd cyfraddau cadarnhaol a negyddol o bedwar prawf ar gyfer COVID-19. Felly, cyfraddau cadarnhaol assay Abbott SARS-CoV-2, assay Daan Gene 2019-nCoV, assay SARS-CoV-2 BGI, a assay Sansure Biotech 2019-nCoV oedd 59.1%, 58.5%, 57.9% a 55.5% yn y drefn honno . Y sgorau safonol cyfeirio cyfansawdd cadarnhaol a negyddol (CRS) oedd 97 (59.1%) a 67 (40.9%), yn y drefn honno (Tabl 1). Yn yr astudiaeth hon, roedd y diffiniad o CRS yn seiliedig ar y rheol “unrhyw bositif”, lle'r oedd dau neu fwy o ganlyniadau prawf a roddodd yr un canlyniad yn cael eu hystyried yn wir bositif neu negyddol allan o bedwar canlyniad prawf.
Yn yr astudiaeth hon, canfuom gytundeb canrannol negyddol (NPA) o 100% (95% CI 94.6-100) ar gyfer yr holl ddadansoddiadau o gymharu â CRS. Dangosodd dadansoddiad Sansure Biotechnology PPA lleiaf posibl o 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ac roedd gan ddadansoddiad Daan Gene 2019-nCoV gytundeb cyffredinol o 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Mewn cyferbyniad, y cytundeb cyffredinol rhwng assay BGI SARS-CoV-2 ac assay Sansure Biotech 2019-nCoV oedd 98.8% a 96.3%, yn y drefn honno (Tabl 2).
Roedd cyfernod cytundeb kappa Cohen rhwng canlyniadau assay CRS ac Abbott SARS-CoV-2 yn gwbl gyson (K = 1.00). Yn yr un modd, mae gwerthoedd kappa Cohen a ganfuwyd gan Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, a Sansure Biotech 2019-nCoV hefyd yn gwbl gyson â CRS (K ≥ 0.925). Yn y dadansoddiad cymharol hwn, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf McNemar) fod canlyniadau assay Sansure Biotech 2019-nCoV yn sylweddol wahanol i ganlyniadau CRS (p = 0.031) (Tabl 2).
Fel y dangosir yn Ffig.1 canran y gwerth Ct isaf (< 20 Ct) o assay Abbott SARS-CoV-2 (genyn RdRp ac N cyfun) oedd 87.6% a dangosodd gwerth Ct genyn ORF1a/b o assay Sansure Biotech 2019-nCoV fod canran yr isel Gwerth Ct (< 20 Ct) oedd 50.3% a'r gwerth Ct uchel (36–40 Ct) oedd 3.2%. 1 canran y gwerth Ct isaf (< 20 Ct) o assay Abbott SARS-CoV-2 (genyn RdRp ac N cyfun) oedd 87.6% a dangosodd gwerth Ct genyn ORF1a/b o assay Sansure Biotech 2019-nCoV fod canran yr isel Gwerth Ct (< 20 Ct) oedd 50.3% a'r gwerth Ct uchel (36–40 Ct) oedd 3.2%.Fel y dangosir yn Ffig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) состачения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) состаченил, 87 зена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, ацент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, ацент низкого (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, canran y dadansoddiad gwerth Ct isaf (< 20 Ct) o Abbott SARS-CoV-2 (genyn cyfun RdRp ac N) oedd 87.6%, a dangosodd gwerth Ct dadansoddiad genynnau ORF1a / b o Sansure Biotech 2019-nCoV bod canran y gwerth Ct isel (< 20 Ct) yn cyfrif am 50.3%, a Ct gwerth uchel (36–40 Roedd Ct) yn cyfrif am 3.2%.如图1所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比 (< 20 Ct） ）technoleg ） 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36)–4 Ct值(36) tua 3.2%. Fel y dangosir yn Ffigur 1, y ganran gwerth Ct isaf (< 20 Ct) o brawf Abbott SARS-CoV-2 (cyfuniad o genyn RdRp ac N) yw 87.6%, gwerth Ct genyn ORF1a/b o brawf Sansure Biotech 2019-nCoV yn dangos canran isel Ct值(< 20 Ct) 的 canran yw 50.3%, 高Ct值(36–40 Ct) 的 canran yw 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое проци Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b yn исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Fel y dangosir yn Ffigur 1, roedd gan assay Abbott SARS-CoV-2 (gan gyfuno'r genynnau RdRp ac N) y ganran isaf o werth Ct (< 20 Ct) ar 87.6%, tra bod gwerth Ct y genyn ORF1a/b yn y Sansure Astudiaeth Biotech 2019 - Dangosodd y dadansoddiad o nCoV Ct isel. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. Canran y gwerthoedd (< 20 Ct) oedd 50.3%, a chanran y gwerthoedd Ct uchel (36–40 Ct) oedd 3.2%.Cofnododd prawf Abbott SARS-CoV-2 B werthoedd Ct uwchlaw 30. Ar y llaw arall, ar yr assay BGI SARS-CoV-2 roedd gan enyn ORF1a/b werth Ct uchel (> 36 Ct) ganran oedd 4% (Ffig. 1). Ar y llaw arall, ar yr assay BGI SARS-CoV-2 roedd gan enyn ORF1a/b werth Ct uchel (> 36 Ct) ganran oedd 4% (Ffig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которагол со4 (% 1). Ar y llaw arall, yn y dadansoddiad o BGI SARS-CoV-2 roedd gan genyn ORF1a/b werth Ct uchel (> 36 Ct), a'r ganran oedd 4% (Ffig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比为4%（ Ar y llaw arall, wrth ganfod BGI SARS-CoV-2, canran y genyn ORF1a/b sydd â gwerth Ct uchel (> 36 Ct) yw 4% (Ffigur 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 4% (>). Ar y llaw arall, yn y dadansoddiad BGI SARS-CoV-2, canran y genynnau ORF1a/b â gwerthoedd Ct uchel (> 36 Ct) oedd 4% (Ffig. 1).
Yn yr astudiaeth hon, cymerwyd 164 o samplau nasopharyngeal. Ar gyfer pob math o brofion, perfformiwyd ynysu ac ymhelaethu RNA gan ddefnyddio'r dulliau a'r citiau a argymhellir gan y gwneuthurwyr priodol.
Dangosodd yr astudiaeth hon fod gan brawf Abbott ar gyfer SARS-CoV-2 yr un perfformiad canfod â CRS, gyda chydgordiant 100% cadarnhaol, negyddol a chyffredinol. Cytundeb kappa Cohen yw 1.00, sy'n dynodi cytundeb llawn gyda CRS. Canfu astudiaeth debyg gan Brifysgol Washington yn yr UD mai sensitifrwydd a phenodoldeb cyffredinol prawf Abbott ar gyfer SARS-CoV-2 oedd 93% a 100%, yn y drefn honno, o'i gymharu â assay a bennwyd gan labordy (LDA) y CDC . 11. Mae system ganfod Abbott SARS-CoV-2 yn seiliedig ar ganfod y genynnau N ac RdRp gyda'i gilydd ar yr un pryd, gan fod y ddau enyn yn fwy sensitif, gan leihau'r negyddion ffug12. Dangosodd astudiaeth yn Fienna, Awstria hefyd fod meintiau sampl echdynnu mawr a chyfeintiau echddygol canfod yn lleihau effeithiau gwanhau a chynyddu effeithlonrwydd canfod13. Felly, gall cyfatebiaeth berffaith Abbott ar gyfer assay SARS-CoV-2 fod yn gysylltiedig â system canfod platfform sy'n canfod genynnau cyfunol ar yr un pryd, yn echdynnu nifer fawr o samplau (0.5 ml), ac yn defnyddio llawer iawn o eluent (40 µl).
Dangosodd ein canlyniadau hefyd fod perfformiad canfod prawf genetig Daan bron yr un fath â pherfformiad CRS. Mae hyn yn gyson ag astudiaeth14 a gynhaliwyd ym Mhrifysgol Anhui yn Huainan, Tsieina, a honiad y gwneuthurwr o gytundeb cadarnhaol 100%. Er gwaethaf adroddiadau o ganlyniadau cyson, roedd un sampl yn ffug negyddol ar ôl ailbrofi’r un eluate, ond roedd yn bositif ym mhrofiadau Abbott SARS-CoV-2 a Sansure Biotech nCoV-2019. Mae hyn yn awgrymu y gall fod amrywiaeth mewn canlyniadau ar draws gwahanol fathau o brofion. Serch hynny, yn yr astudiaeth a gynhaliwyd yn Tsieina15, roedd canlyniad assay Gene Daan yn sylweddol wahanol (p < 0.05) o gymharu â'u hassay cyfeirio a ddiffiniwyd gan labordy. Serch hynny, yn yr astudiaeth a gynhaliwyd yn Tsieina15, roedd canlyniad assay Gene Daan yn sylweddol wahanol (p < 0.05) o gymharu â'u hassay cyfeirio a ddiffiniwyd gan labordy. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (5) <br>(5) лабораторного италоного анализа. Fodd bynnag, mewn astudiaeth yn Tsieina15, roedd canlyniad dadansoddiad Daan Gene yn sylweddol wahanol (p < 0.05) i'w dadansoddiad cyfeirio labordy.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的cliciwch i weld mwy o luniau o ddelweddau o luniau < 0.05）.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测cliciwch i weld mwy o luniau o lygad y ffynnon <0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отлсиь (5) < сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Fodd bynnag, mewn astudiaeth yn Tsieina15, roedd canlyniadau prawf genetig Daan yn sylweddol wahanol (p < 0.05) o gymharu â'i brawf labordy cyfeirio.Gall yr anghysondeb hwn fod oherwydd sensitifrwydd y prawf cyfeirio i ganfod SARS-CoV-2, a gall astudiaethau pellach fod yn bwysig i bennu'r achos.
Yn ogystal, gwerthusodd ein hastudiaeth berfformiad cymharol assay BGI SARS-CoV-2 gyda CRS, gan ddangos cytundeb canrannol cadarnhaol rhagorol (PPA = 97.9%), cytundeb canran negyddol (NPA = 100%), a chytundeb canrannol cyffredinol yn ôl rhyw. OPA). ). = 98.8%). Roedd gwerthoedd Kappa Cohen yn dangos cytundeb da (K = 0.975). Mae astudiaethau yn yr Iseldiroedd16 a Tsieina15 wedi dangos canlyniadau cyson. Mae prawf BGI SARS-CoV-2 yn brawf canfod genyn sengl (ORF1a/b) sy'n defnyddio elwate ymhelaethu/canfod 10 µl. Er gwaethaf cytundeb ystadegol da â’n canlyniadau cyfeirio, methodd y dadansoddiad â dau sampl cadarnhaol (1.22%) o’r sampl gyfan. Gall hyn fod â goblygiadau clinigol enfawr ar gyfer dynameg trosglwyddo ar lefel y claf a lefel y gymuned.
Dadansoddiad cymharol arall a gynhwyswyd yn yr astudiaeth hon oedd assay Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO); y ganran gyfatebol gyffredinol oedd 96.3%. Pennwyd cryfder y cytundeb hefyd gan werth Cohen's Kappa, sef 0.925, sy'n nodi cytundeb llawn gyda'r CRS. Unwaith eto, mae ein canlyniadau yn union yr un fath ag astudiaethau a gynhaliwyd ym Mhrifysgol Canolbarth y De yn Changsha, Tsieina, ac yn Adran Labordy Clinigol Ysbyty Pobl Liuzhou, Dinas Liuzhou, Tsieina17. Er bod y cytgord ystadegol da uchod wedi'i gofnodi, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf MacNemar) fod canlyniad yr assay Sansure Biotech wedi cael gwahaniaeth ystadegol arwyddocaol o'i gymharu â CRS (p <0.005). Er bod y cytgord ystadegol da uchod wedi'i gofnodi, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf MacNemar) fod canlyniad yr assay Sansure Biotech wedi cael gwahaniaeth ystadegol arwyddocaol o'i gymharu â CRS (p <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, крветидихие (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое разпльтат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое разпличи 0,005). Er bod y cytundeb ystadegol da uchod wedi'i gofnodi, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf McNemar) fod gan ganlyniad assay Sansure Biotech wahaniaeth ystadegol arwyddocaol o'i gymharu â'r CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明, Sansure Biotech 暄绀测暜瓸相比具有统计学显着差异（p <0.005）。尽管计记录了上述良好统计一致性，但检验（ macnemar 检验表明，, sansure biotechnoleg 怎怎 ， sansure biotechnoleg相比具有显着（（（p<0.005。。。。。。。。。。。。。。。〉）） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерипалома) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech a CRS. Er gwaethaf y cytundeb ystadegol da a nodir uchod, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf McNemar) wahaniaeth ystadegol arwyddocaol (p < 0.005) rhwng assay Sansure Biotech a'r CRS.Canfuwyd bod chwe sampl (3.66%) yn negyddol ffug o gymharu â CRS (Tabl Atodol 1); mae hyn yn bwysig iawn, yn enwedig o ystyried dynameg trosglwyddo'r firws. Mae'r data uchod hefyd yn cefnogi'r gyfradd ganfod isel hon15.
Yn yr astudiaeth hon, pennwyd gwerthoedd Ct ar gyfer pob assay a llwyfan priodol, gyda'r gwerth Ct cymedrig isaf wedi'i adrodd yn assay Abbott SARS-CoV-2. Gall y canlyniad hwn fod yn gysylltiedig â system brofi genetig gyfunol ar yr un pryd Abbott ar gyfer canfod SARS-CoV-2. Felly, yn ôl Ffigur 1, roedd gan 87.6% o ganlyniadau Abbott SARS-CoV-2 werthoedd Ct o dan 20. Dim ond nifer fach o ganlyniadau sampl (12.4%) oedd yn yr ystod 20-30. Ni chofnodwyd gwerthoedd Ct uwchlaw 30. Yn ogystal â defnydd Abbott o fformat profi genetig panel SARS-CoV-2, gall y canlyniad hwn fod yn gysylltiedig â'r terfyn canfod is (32.5 copi RNA / mL)18, sydd deirgwaith yn is na therfyn isaf y cwmni o 100 copi RNA /mL. ml)19.
Mae gan yr astudiaeth hon rai cyfyngiadau: yn gyntaf, nid oes gennym ddulliau safonol/cyfeirio [fel llwyth firaol neu brofion labordy eraill (LDA)] oherwydd diffyg adnoddau. Yn ail, swabiau nasopharyngeal oedd yr holl sbesimenau a ddefnyddiwyd yn yr astudiaeth hon, tra nad oedd y canlyniadau'n berthnasol i fathau eraill o sbesimen, ac yn drydydd, roedd maint ein sampl yn fach.
Cymharodd yr astudiaeth hon berfformiad pedwar asesiad rRT-PCR ar gyfer SARS-CoV-2 gan ddefnyddio samplau nasopharyngeal. Roedd perfformiad yr holl brofion canfod bron yn debyg, ac eithrio assay Sansure Biotech. Ar ben hynny, nodwyd y gyfradd bositifrwydd isel yn yr assay Sansure Biotech o'i gymharu â'r CRS (p < 0.05). Ar ben hynny, nodwyd y gyfradd bositifrwydd isel yn yr assay Sansure Biotech o'i gymharu â'r CRS (p < 0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению < с CRS,5. Yn ogystal, dangosodd prawf Sansure Biotech ganran isel o ganlyniadau cadarnhaol o gymharu â CRS (p < 0.05).此外, 与 CRS 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外, 与 CRS 相比, Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению < с CRS,5. Yn ogystal, roedd gan assay Sansure Biotech gyfradd bositifrwydd is o gymharu â CRS (p < 0.05).Roedd dadansoddiad Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) o PPA, APC a chytundeb cyffredinol yn fwy na 93.5% gyda chryfder gwerth cytundeb Cohen Kappa o 0.925. Yn olaf, mae angen dilysu Sansure Biotech Assay (RUO) ymhellach i'w ddefnyddio yn Ethiopia, a dylid ystyried ymchwil ychwanegol i werthuso hawliadau gan weithgynhyrchwyr unigol.
Cynhaliwyd cynllun astudiaeth gymharol mewn pedwar cyfleuster iechyd yn Addis Ababa, Ysbyty Eka Kotebe, Canolfan Triniaeth Eglwys y Mileniwm, Ysbyty Coffa Zewooditu, ac Ysbyty Arbenigol Twbercwlosis St. Casglwyd y data rhwng Rhagfyr 1 a 31, 2020. Dewiswyd y cyfleusterau meddygol ar gyfer yr astudiaeth hon yn bwrpasol yn seiliedig ar eu nifer uchel o achosion ac argaeledd canolfannau triniaeth mawr yn y ddinas. Yn yr un modd, dewiswyd offerynnau, gan gynnwys offerynnau PCR amser real ABI 7500 ac Abbott m2000, yn unol ag argymhellion gwneuthurwyr adweithyddion NAAT, a dewiswyd pedwar pecyn canfod PCR ar gyfer yr astudiaeth hon, gan fod y rhan fwyaf o labordai yn Ethiopia wedi defnyddio o leiaf o leiaf. pedwar ohonyn nhw. Prawf genynnol, prawf Abbott SARS-CoV-2, prawf Sansure Biotech, a phrawf BGI SARS-CoV-2 a berfformiwyd yn ystod yr astudiaeth).
Cynhaliwyd profion ar gyfer SARS-CoV-2 rhwng 1 a 30 Rhagfyr 2020 gan ddefnyddio 3 ml o Gyfrwng Trafnidiaeth Feirysol (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) gan unigolion sy'n destun ymchwiliad ar gyfer COVID-19 a gyfeiriwyd at EPHI. Casglwyd samplau nasopharyngeal gan gasglwyr samplau hyfforddedig a'u hanfon at EPHI mewn pecynnau triphlyg. Cyn ynysu asid niwclëig, rhoddir rhif adnabod unigryw i bob sampl. Perfformir echdynnu o bob sampl yn syth ar ôl cyrraedd gan ddefnyddio dulliau echdynnu â llaw ac awtomatig. Felly, ar gyfer echdynnu Abbott m2000 yn awtomatig, echdynnwyd 1.3 ml (gan gynnwys cyfaint marw 0.8 ml a chyfaint mewnfa echdynnu 0.5 ml) o bob sampl a'i basio trwy System Paratoi Sampl DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, UDA). ) Cynhwyswyd swp o 96 [92 sampl, dau reolaeth canfod a dau reolaeth di-templed (NTC)] yn y broses gyffredinol (adfer a chanfod) o ddwy rownd o SARS-CoV-2 (EUA) mewn amser real. mwyngloddio. Yn yr un modd, ar gyfer echdynnu â llaw, defnyddiwch yr un samplau (ar gyfer echdynnu a darganfod yn awtomatig). Felly, trwy gydol y broses, cafodd 140 µl sampl eu didoli a'u tynnu gan ddefnyddio Pecyn Mini RNA Feirysol QIAamp (QIAGEN GmbH, Hilden, yr Almaen) mewn sypiau o 24 (gan gynnwys 20 sampl, dau reolaeth assay a dau NTCs) dros naw rownd. Cafodd eluates a dynnwyd â llaw eu chwyddo a'u canfod gan ddefnyddio beiciwr thermol ABI 7500 gan ddefnyddio assay BGI SARS-CoV-2, assay Gene Daan, a assay Sansure Biotech.
Mae ynysu a phuro RNA firaol SARS-CoV-2 yn awtomataidd yn dilyn yr egwyddor gleiniau magnetig gan ddefnyddio adweithyddion paratoi sampl DNA Abbott. Mae anactifadu samplau a hydoddi gronynnau firaol yn cael ei wneud gan ddefnyddio glanedydd sy'n cynnwys isothiocyanate guanidine i ddadnatureiddio'r protein ac anactifadu RNase. Yna mae'r RNA yn cael ei wahanu oddi wrth y protein trwy wahaniad cyfnod solet gan ddefnyddio silica, hy mae'r halen guanidinium a pH alcalïaidd y byffer lysis yn hyrwyddo rhwymo'r asidau niwclëig i'r silica (SiO2). Mae'r cam rinsio yn dileu'r proteinau a'r malurion sy'n weddill i gynhyrchu datrysiad clir. Mae RNA tryloyw wedi'i ynysu o ficroronynnau sy'n seiliedig ar silica gan ddefnyddio maes magnetig yr offeryn20,21. Ar y llaw arall, mae ynysu a phuro RNA â llaw yn cael ei wneud gan y dull colofn sbin gan ddefnyddio centrifugation yn lle stand magnetig a gwahanu microronynnau o'r eluent.
Perfformiwyd Prawf Canfod SARS-CoV-2 Amser Real Abbott (Abbott Molecular, Inc.) yn unol â chyfarwyddiadau'r gwneuthurwr, a dderbyniodd EUA19,22 gan Sefydliad Iechyd y Byd a'r FDA. Yn y protocol hwn, perfformiwyd anactifadu sampl cyn echdynnu mewn baddon dŵr ar 56 ° C am 30 munud. Ar ôl anactifadu firws, perfformiwyd echdynnu asid niwclëig ar offeryn Abbott m2000 SP o 0.5 ml VTM gan ddefnyddio system paratoi sampl DNA Abbott m2000. yn ôl y gwneuthurwr. Perfformiwyd ymhelaethu a chanfod gan ddefnyddio offeryn RT-PCR Abbott m2000, a pherfformiwyd canfod deuol ar gyfer y genynnau RdRp ac N. ROX) a VIC P (lliw perchnogol) ar gyfer targedu a chanfod rheolaethau mewnol, gan ganiatáu canfod y ddau gynnyrch mwyhau ar yr un pryd 19 .
Mae dull canfod ymhelaethiad y pecyn hwn yn seiliedig ar dechnoleg RT-PCR un cam. Dewiswyd y genynnau ORF1a/b ac N fel rhanbarthau gwarchodedig gan Daan Gene Technology i ganfod ymhelaethu ar y rhanbarth targed. Mae preimwyr penodol a stilwyr fflwroleuol (stilwyr genyn N wedi'u labelu â FAM, stilwyr ORF1a/b wedi'u labelu â VIC) wedi'u cynllunio i ganfod RNA SARS-CoV-2 mewn samplau. Paratowyd y cymysgeddau eluent a meistr terfynol trwy ychwanegu 5 µl o eluent i 20 µl o'r cymysgedd meistr i gyfaint terfynol o 25 µl. Perfformiwyd ymhelaethu a chanfod ar yr un pryd ar offeryn PCR amser real ABI 750024.
Canfuwyd y genynnau ORF1a/b ac N gan ddefnyddio Pecyn Diagnostig Asid Niwcleig Sansure Biotech nCoV-2019 (canfod PCR fflwroleuol). Paratowch stilwyr penodol ar gyfer pob genyn targed trwy ddewis y sianel FAM ar gyfer rhanbarth ORF1a/b a'r sianel ROX ar gyfer y genyn N. At y pecyn profi hwn, ychwanegir adweithyddion cymysgedd eluent a meistr fel a ganlyn: paratowch adweithydd cymysgedd meistr 30 µl a sampl eluent 20 µl ar gyfer canfod / mwyhau. Defnyddiwyd PCR ABI 750025 amser real ar gyfer ymhelaethu/canfod.
Mae prawf BGI SARS-CoV-2 yn becyn rRT-PCR amser real fflwroleuol ar gyfer gwneud diagnosis o COVID-19. Mae'r rhanbarth targed wedi'i leoli yn rhanbarth ORF1a / b o'r genom SARS-CoV-2, sy'n ddull canfod genynnau sengl. Yn ogystal, mae'r genyn cadw tŷ dynol β-actin yn enyn targed a reoleiddir yn fewnol. Mae'r prif gymysgedd yn cael ei baratoi trwy gymysgu 20 µl o'r prif adweithydd cymysgedd a 10 µl o'r sampl RNA wedi'i dynnu mewn plât ffynnon26. Defnyddiwyd offeryn PCR meintiol amser real ABI 7500 ar gyfer ymhelaethu a chanfod. Perfformiwyd yr holl ymhelaethiad asid niwclëig, amodau rhedeg PCR ar gyfer pob assay, a dehongliad o'r canlyniadau yn unol â chyfarwyddiadau'r gwneuthurwr priodol (Tabl 3).
Yn y dadansoddiad cymharol hwn, ni wnaethom ddefnyddio'r dull safonol cyfeiriol i bennu cytundeb canran (cadarnhaol, negyddol, ac yn gyffredinol) a pharamedrau cymharu eraill ar gyfer y pedwar dadansoddiad. Gwnaed pob cymhariaeth prawf gyda CRS, yn yr astudiaeth hon gosodwyd y CRS gan y rheol “unrhyw bositif” a phenderfynwyd ar y canlyniad, nid gan un prawf, defnyddiwyd o leiaf ddau ganlyniad prawf cyfatebol. Yn ogystal, yn achos trosglwyddiad COVID-19, mae canlyniadau negyddol ffug yn fwy peryglus na chanlyniadau positif ffug. Felly, i ddweud “cadarnhaol” mor gywir â phosibl o ganlyniad CRS, rhaid i o leiaf ddau brawf assay fod yn bositif, sy'n golygu bod o leiaf un canlyniad cadarnhaol yn debygol o ddod o assay EUA. Felly, allan o bedwar canlyniad prawf, mae dau neu fwy o ganlyniadau prawf sy'n rhoi'r un canlyniad yn cael eu hystyried yn wir bositif neu negyddol18,27.
Casglwyd data gan ddefnyddio ffurflenni echdynnu data strwythuredig, cyflawnwyd mewnbynnu a dadansoddi data gan ddefnyddio meddalwedd ystadegol Excel a fersiwn SPSS 23.0 ar gyfer ystadegau disgrifiadol. Dadansoddwyd cytundeb canran cadarnhaol, negyddol a chyffredinol, a defnyddiwyd sgôr Kappa i bennu i ba raddau y cytunwyd ar bob dull gyda CRS. Dehonglir gwerthoedd Kappa fel a ganlyn: 0.01 i 0.20 ar gyfer cytundeb ysgafn, 0.21-0.40 ar gyfer cytundeb cyffredinol, 0.41-0.60 ar gyfer cytundeb cymedrol, 0.61-0.80 ar gyfer cytundeb mawr a 0.81-0.99 ar gyfer cytundeb cyflawn28.
Cafwyd cliriad moesegol gan Brifysgol Addis Ababa a chymeradwywyd yr holl brotocolau arbrofol ar gyfer yr astudiaeth hon gan Fwrdd Adolygu Moeseg Wyddonol Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia. Y cyfeirnod ar gyfer Trwydded Moeseg EPHI yw EPHI/IRB-279-2020. Cymhwyswyd pob dull yn unol ag argymhellion a darpariaethau Canllawiau Cynhwysfawr Cenedlaethol Ethiopia ar gyfer Trin COVID-19. Yn ogystal, cafwyd caniatâd gwybodus ysgrifenedig gan holl gyfranogwyr yr astudiaeth cyn cymryd rhan yn yr astudiaeth.
Mae'r holl ddata a gafwyd neu a ddadansoddwyd yn yr astudiaeth hon wedi'u cynnwys yn yr erthygl gyhoeddedig hon. Mae data sy'n cefnogi canlyniadau'r astudiaeth hon ar gael gan yr awdur priodol ar gais rhesymol.
Sefydliad Iechyd y Byd. Argymhellion ar gyfer Strategaethau Profi Labordy ar gyfer COVID-19: Canllawiau Interim, 21 Mawrth, 2020 Rhif WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis craff COVID-19 yn yr Adran Achosion Brys: Pawb ar Waith. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Diagnosis craff COVID-19 yn yr Adran Achosion Brys: Pawb ar Waith.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. a Gurgulianis, KI Diagnosis deallus o COVID-19 yn yr adran achosion brys: popeth yn ymarferol.Muliou DS, Pantazopoulos I. a Gurgulyanis KI Diagnosis deallus o COVID-19 mewn adrannau brys: integreiddio o'r dechrau i'r diwedd ar waith. Arbenigwr y Parchedig Respire. meddygaeth. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL a St George, K. Gwerthusiad o assay COVID19 ID NAWR EUA. Mitchell, SL a St George, K. Gwerthusiad o assay COVID19 ID NAWR EUA.Mitchell, SL a St. George, K. Gwerthusiad o assay COVID19 ID NAWR EUA.Mitchell SL a St. George K. Gwerthusiad o assay COVID19 ID NAWR EUA. J. Clinigol. Feirws. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
SEFYDLIAD IECHYD Y BYD. Darganfod labordy o glefyd coronafeirws 2019 (COVID-19) mewn achosion posibl o glefyd dynol. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (cyrchwyd 15 Awst 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis COVID-19: Clefydau ac Offer Profi. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Mae Syed S. et al. Sefydlu Coleg Patholegwyr Dwyrain, Canolbarth a De Affrica - Ysgol Patholeg Ranbarthol y Dwyrain Canol a De Affrica. Affrica. J. Lab. meddygaeth. 9(1), 1-8 (2020).
Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia, y Weinyddiaeth Iechyd Ffederal. Strategaeth Genedlaethol Dros Dro a Chanllawiau ar gyfer Diagnosis Labordy o COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (cyrchwyd 12 Awst 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Profion negyddol ffug ar gyfer heriau a goblygiadau haint SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Profion negyddol ffug ar gyfer heriau a goblygiadau haint SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim AS Profion ffug-negyddol ar gyfer heintiau SARS-CoV-2 a'u canlyniadau.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim AS Profion ffug-negyddol ar gyfer cythrudd ac effaith haint SARS-CoV-2. N. eng. J. Meddyginiaeth. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS a Gourgoulianis, KI Achosion COVID-19 ffug-gadarnhaol a ffug-negyddol: Strategaethau atal a rheoli anadlol, brechu, a safbwyntiau pellach. Mouliou, DS a Gourgoulianis, KI Achosion COVID-19 ffug-gadarnhaol a ffug-negyddol: Strategaethau atal a rheoli anadlol, brechu, a safbwyntiau pellach. Mouliou, DS a Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профикила лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS a Gourgoulianis, KI Achosion positif ffug a negyddol ffug o COVID-19: strategaethau atal a thrin anadlol, brechu a'r ffordd ymlaen.Muliu, DS a Gurgulianis, KI Achosion ffug-gadarnhaol a ffug-negyddol o COVID-19: strategaethau ar gyfer atal a thrin anadlol, brechu a'r ffordd ymlaen. Arbenigwr y Parchedig Respire. meddygaeth. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 yn yr adran achosion brys: Gweld y goeden ond colli'r goedwig. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis COVID-19 yn yr adran achosion brys: Gweld y goeden ond colli'r goedwig.Mouliou, DS, Ioannis, P. a Konstantinos, G. COVID-19 Diagnosis yn yr Adran Achosion Brys: Gweler y Goeden, Colli'r Goedwig.Muliou DS, Ioannis P., a Konstantinos G. COVID-19 Diagnosis mewn Ystafelloedd Argyfwng: Dim Digon o Goedwig i'r Coed. Ymddangos. meddygaeth. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Dilysu a Dilysu Perfformiad Dadansoddol a Chlinigol Assay Abbott RealTime SARS-CoV-2. J. Clinigol. Feirws. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Cymharu pum set preimio o ranbarth genom gwahanol o COVID-19 ar gyfer canfod haint firws gan RT-PCR confensiynol. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Cymhariaeth o bum set preimio o wahanol ranbarthau genom o COVID-19 ar gyfer canfod haint firws gan RT-PCR confensiynol.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. ac Aflatunyan, B. Cymhariaeth o bum set o preimwyr o wahanol ranbarthau o genom COVID-19 ar gyfer canfod haint firaol gan RT-PCR confensiynol. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Cymhariaeth o 5 rhanbarth genetig gwahanol o COVID-19 ar gyfer canfod haint firaol gan RT-PCR confensiynol.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ac Aflatunyan B. Cymhariaeth o bum set o preimwyr o wahanol ranbarthau o'r genom COVID-19 ar gyfer canfod haint firaol gan RT-PCR confensiynol.Iran. J. Microbioleg. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Canlyniadau rhagarweiniol y rhaglen asesu ansawdd allanol genedlaethol ar gyfer canfod dilyniannau genom SARS-CoV-2. J. Clinigol. Feirws. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Gwerthusiad Dadansoddol o Effeithiolrwydd Pum Pecyn RT-PCR ar gyfer Coronafeirws Syndrom Anadlol Acíwt Difrifol 2. J. Clinigol. labordy. anws. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Gwerthusiad o saith pecyn canfod RNA SARS-CoV-2 sydd ar gael yn fasnachol yn Tsieina yn seiliedig ar adwaith cadwyn polymeras amser real (PCR). clinigol. Cemegol. labordy. meddygaeth. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Cymhariaeth o saith pecyn diagnostig masnachol RT-PCR COVID-19. J. Clinigol. Feirws. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Cymharu perfformiad diagnostig dau becyn PCR ar gyfer canfod asidau niwclëig SARS-CoV-2. J. Clinigol. labordy. anws. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, ac ati Dangosodd astudiaeth gymharol o bedwar llwyfan profi chwyddo asid niwclëig SARS-CoV-2 (NAAT) fod perfformiad ID NOW wedi'i ddiraddio'n sylweddol yn dibynnu ar y claf a'r math o sampl. diagnosis. microbioleg. Heintio. diss. 99(1), 115200 (2021).
Moleciwl Abbott. Mewnosodiad pecyn dadansoddi SARS-CoV-2 amser real Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (O 10 Awst, 2020) (2020).
Klein, S. et al. Ynysu RNA SARS-CoV-2 gan ddefnyddio gleiniau magnetig ar gyfer canfod cyflym ar raddfa fawr gan RT-qPCR a RT-LAMP. Firws 12(8), 863 (2020).