Perfformiad pedwar profiad ymhelaethu asid niwclëig i nodi SARS-COV-2 yn Ethiopia

Diolch am ymweld â natur.com. Rydych chi'n defnyddio fersiwn porwr gyda chefnogaeth CSS gyfyngedig. I gael y profiad gorau, rydym yn argymell eich bod yn defnyddio porwr wedi'i ddiweddaru (neu'n analluogi modd cydnawsedd yn Internet Explorer). Yn ogystal, er mwyn sicrhau cefnogaeth barhaus, rydym yn dangos y wefan heb arddulliau a JavaScript.
Yn arddangos carwsél o dair sleid ar unwaith. Defnyddiwch y botymau blaenorol a nesaf i symud trwy dair sleid ar y tro, neu defnyddiwch y botymau llithrydd ar y diwedd i symud trwy dair sleid ar y tro.
Ers achos o Glefyd Coronafirws 2019 (COVID-19), mae llawer o brofion ymhelaethu asid niwclëig masnachol (NAAT) wedi'u datblygu ledled y byd ac wedi dod yn brofion safonol. Er bod sawl prawf wedi'u datblygu a'u cymhwyso'n gyflym i brofion diagnostig labordy, nid yw perfformiad y profion hyn wedi'i werthuso mewn amrywiaeth o leoliadau. Felly, nod yr astudiaeth hon oedd gwerthuso perfformiad profion Abbott SARS-COV-2, Gene Daan, BGI, a Sansure Biotech gan ddefnyddio'r safon gyfeirio gyfansawdd (CRS). Cynhaliwyd yr astudiaeth yn Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia (EPHI) rhwng 1 a 30 Rhagfyr 2020. Tynnwyd 164 o samplau nasopharyngeal gan ddefnyddio pecyn Mini Qiaamp RNA a system baratoi sampl DNA Abbott. O 164 o sbesimenau, roedd 59.1% yn bositif a 40.9% yn negyddol ar gyfer CRS. Roedd positifrwydd biotechnoleg sansure yn sylweddol isel o'i gymharu â CRS (p <0.05). Roedd positifrwydd biotechnoleg sansure yn sylweddol isel o'i gymharu â CRS (p <0.05). Положительные результаты sansure biotech ыыли значительно н dd dd ddER. Roedd canlyniadau cadarnhaol Sansure Biotech yn sylweddol is o gymharu â CRS (p <0.05).与 crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0.05）。。与 crs 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （p <0.05）。。 У sansure biotech ыыло значительно менше положительных результатов по сравнению с crs (p <0,05). Roedd gan sansure biotech gryn dipyn yn llai o ganlyniadau cadarnhaol o gymharu â CRS (p <0.05).Cytundeb cyffredinol y pedwar dadansoddiad oedd 96.3–100% o'i gymharu â CRS. Yn ychwanegol at gyfradd positifrwydd isel y assay biotechnoleg sansure, roedd perfformiad y pedwar assay bron yn gymharol. O'r herwydd, mae angen dilysu ychwanegol ar assay sansure biotech [ymchwil yn unig (ruo)] i'w ddefnyddio yn Ethiopia. Yn olaf, dylid ystyried ymchwil ychwanegol i werthuso profion gyda hawliadau gwneuthurwr priodol.
Mae profion labordy yn rhan o Gynllun Strategol Sefydliad Iechyd y Byd (WHO) ar gyfer Clefyd Coronafirws 2019 (COVID-19) Parodrwydd ac Ymateb (SPRP). Sy'n cynghori bod angen i wledydd adeiladu gallu labordy i wella parodrwydd, rheoli achosion yn iawn, gwyliadwriaeth ac ymateb cyflym i heriau iechyd y cyhoedd. Mae hyn yn awgrymu bod rôl y labordy yn allweddol i nodweddu afiechyd ac epidemioleg asiantau heintus sy'n dod i'r amlwg a rheoli eu lledaeniad.
Mae angen gwybodaeth epidemiolegol a meddygol, symptomau/arwyddion personol, a data radiograffig a labordy2 ar y diagnosis o COVID-19. Ers i'r achos o Covid-19 gael ei adrodd yn Wuhan, China, mae llawer o brofion ymhelaethu asid niwclëig masnachol (NAATs) wedi'u datblygu ledled y byd. Defnyddiwyd adwaith cadwyn polymeras trawsgrifio amser real (RRT-PCR) fel dull arferol a safonol ar gyfer diagnosis labordy o syndrom anadlol acíwt difrifol 2 (SARS-COV-2) 3 haint. Mae canfod moleciwlaidd SARS-COV-2 yn nodweddiadol yn seiliedig ar y genynnau N (genyn protein niwcleocapsid), E (genyn protein amlen), a genynnau RDRP (genyn polymeras RNA sy'n ddibynnol ar RNA) yn ORF1A/B (ffrâm darllen agored 1A/B). rhanbarth genyn) a nodwyd o'r genom firaol. Fe'u hystyrir fel y prif ranbarthau gwarchodedig a geir mewn genomau firaol ar gyfer adnabod firws4. Ymhlith y genynnau hyn, mae gan y genynnau RDRP ac E sensitifrwydd canfod dadansoddol uchel, tra bod gan y genyn N sensitifrwydd dadansoddol isel5.
Gall perfformiad profion PCR amrywio yn dibynnu ar amrywiol ffactorau megis: adweithyddion echdynnu, adweithyddion ymhelaethu/canfod, dull echdynnu, ansawdd y peiriant PCR ac offerynnau eraill. Ym mis Ebrill 2020, mae mwy na 48 o wahanol ddyfeisiau diagnostig o naw gwlad wedi derbyn awdurdodiad defnydd brys (EUA) ar gyfer diagnosteg Covid-196. Yn Ethiopia, defnyddir mwy na 14 o lwyfannau PCR amser real ar gyfer canfod PCR o SARS-COV-2 mewn 26 o sefydliadau iechyd cyhoeddus, gan gynnwys ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 a Quant-Studio7. Yn ogystal, mae amryw o becynnau prawf PCR ar gael, fel Prawf Gene Daan, prawf Abbott SARS-COV-2, prawf biotechnoleg sansure, a phrawf BGI SARS-COV-2. Er bod RRT-PCR yn sensitif iawn, mae rhai cleifion â COVID-19 yn nodi canlyniadau negyddol ffug oherwydd copïau annigonol o asid riboniwcleig firaol (RNA) mewn samplau oherwydd casglu, cludo, storio a thrin amhriodol, a phrofi labordy. amodau a gweithredoedd personél8. Yn ogystal, gall cam-drin sampl neu reoli, gosodiad trothwy beic (CT), a thraws-adweithedd ag asidau niwclëig pathogenig eraill neu RNA SARS-COV-2 anactif/gweddilliol arwain at ganlyniadau positif ffug mewn profion RRT-PCR9. Felly, mae'n amlwg y gall profion PCR yn wir nodi cludwyr darnau genynnau, gan na allant hyd yn oed wahaniaethu rhwng genynnau firaol gwirioneddol weithredol, felly dim ond cludwyr ac nid cleifion10 y gall y profion eu nodi. Felly, mae'n bwysig asesu perfformiad diagnostig gan ddefnyddio dulliau safonol yn ein lleoliad. Er bod llawer o adweithyddion NAAT ar gael yn Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia (EPHI) a ledled y wlad, ni adroddwyd eto am unrhyw werthusiad cymharol o'u heffeithiolrwydd. Felly, nod yr astudiaeth hon oedd gwerthuso perfformiad cymharol citiau sydd ar gael yn fasnachol ar gyfer canfod SARS-COV-2 gan RRT-PCR gan ddefnyddio sbesimenau clinigol.
Cafodd cyfanswm o 164 o gyfranogwyr yr amheuir eu bod yn COVID-19 wedi'u cynnwys yn yr astudiaeth hon. Roedd mwyafrif y samplau yn dod o ganolfannau triniaeth (118/164 = 72%), tra bod y cyfranogwyr 46 (28%) sy'n weddill yn dod o ganolfannau heblaw triniaeth. Ymhlith y cyfranogwyr nad oeddent yn cael eu trin yn y ganolfan, roedd gan 15 (9.1%) achosion yn glinigol ac roedd gan 31 (18.9%) gysylltiadau o achosion wedi'u cadarnhau. Roedd naw deg tri o gyfranogwyr (56.7%) yn ddynion, ac oedran cymedrig (± SD) y cyfranogwyr oedd 31.10 (± 11.82) o flynyddoedd.
Yn yr astudiaeth hon, pennwyd cyfraddau cadarnhaol a negyddol o bedwar prawf ar gyfer COVID-19. Felly, cyfraddau positif assay Abbott SARS-COV-2, DAAN GENE 2019-assay ncov, assay BGI SARS-COV-2, a assay sansure Biotech 2019-NCOV oedd 59.1%, 58.5%, 57.9% a 55.5% yn y drefn honno. Y sgoriau Safon Cyfansawdd Cyfansawdd Positif a Negyddol (CRS) oedd 97 (59.1%) a 67 (40.9%), yn y drefn honno (Tabl 1). Yn yr astudiaeth hon, roedd y diffiniad o CRS yn seiliedig ar y rheol “unrhyw bositif”, lle allan o bedwar canlyniad prawf, roedd dau neu fwy o ganlyniadau profion a roddodd yr un canlyniad yn cael eu hystyried yn wir gadarnhaol neu negyddol.
Yn yr astudiaeth hon, gwelsom gytundeb canrannol negyddol (APC) o 100% (95% CI 94.6–100) ar gyfer yr holl ddadansoddiadau o'i gymharu â CRS. Dangosodd y dadansoddiad biotechnoleg sansure ychydig o PPA o 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ac roedd gan ddadansoddiad DAAN Gene 2019-NCOV gytundeb cyffredinol o 99.4% (95% CI 96.6-99.9). Mewn cyferbyniad, cytundeb cyffredinol rhwng assay BGI SARS-COV-2 ac assay Sansure Biotech 2019-NCOV oedd 98.8% a 96.3%, yn y drefn honno (Tabl 2).
Roedd cyfernod cytundeb Kappa Cohen rhwng CRS ac Abbott SARS-COV-2 Assay Canlyniadau yn gwbl gyson (K = 1.00). Yn yr un modd, mae gwerthoedd Kappa Cohen a ganfuwyd gan DAAN GENE 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI, a SANSURE BIOTECH 2019-NCOV hefyd yn gwbl gyson â CRS (K ≥ 0.925). Yn y dadansoddiad cymharol hwn, dangosodd y prawf Chi-sgwâr (prawf McNemar) fod canlyniadau assay sansure Biotech 2019-NCOV yn sylweddol wahanol i ganlyniadau CRS (p = 0.031) (Tabl 2).
Fel y dangosir yn ffig.1 Roedd canran y gwerth CT isaf (<20 ct) o assay Abbott Sars-COV-2 (genyn cyfun RDRP a N) yn 87.6% a dangosodd gwerth ct genyn ORF1a/b o assay sansure biotechnoleg 2019-ncov mai'r ganran o werth ct isel (<20 ct) oedd 50 ct) oedd 50 ct oedd 50 ct) oedd 50 ct) oedd 50 ct) oedd 50 ct) a 3 ct) yn uchel. 1 Roedd canran y gwerth CT isaf (<20 ct) o assay Abbott Sars-COV-2 (genyn cyfun RDRP a N) yn 87.6% a dangosodd gwerth ct genyn ORF1a/b o assay sansure biotechnoleg 2019-ncov mai'r ganran o werth ct isel (<20 ct) oedd 50 ct) oedd 50 ct oedd 50 ct) oedd 50 ct) oedd 50 ct) oedd 50 ct) a 3 ct) yn uchel.Fel y dangosir yn ffig.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) анализа abbott sars-cov-2 (комббинwg bynnag Orf1a/b анализа sansure biotech 2019-ncov показало что процент низкого значения ct (<20 ct) составver (3,3%, а а а а а ан ан а аled ао аled аоо ERC составлялялinia 3,2%. 1, roedd canran y dadansoddiad gwerth CT isaf (<20 CT) o Abbott SARS-COV-2 (genyn cyfun RDRP ac N) yn 87.6%, a dangosodd gwerth CT dadansoddiad genyn ORF1a/B o sansure biotech 2019-ncov fod canran o werth ct isel (<20 ct) yn accted ar gyfer accout isel ar gyfer accout isel ar gyfer CT.3 CT. 3.2%.如图 1 所示 ， Abbott Sars-COV-2 检测 （结合 RDRP 和 N 基因） 的最低 CT 值百分比 （（<20 CT） 为 87.6%， Sansure Biotech 2019-Ncov 检测的 orf1a/b 基因 ct 值显示低 ct ， 的百分比为 ， ct)的百分比为 3.2%。 Fel y dangosir yn Ffigur 1, y ganran gwerth CT isaf (<20 CT) o brawf Abbott SARS-COV-2 (cyfuniad o genyn RDRP a N) yw 87.6%, y genyn ORF1A/B CT Gene CT o sansure biotech biotechnoleg 2019-ncov Prawf NCOV yn dangos CT 值 的 的 的 的 的 的 canran 的 的 的 的 的 的 的 canran 的 的 的3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-COV-2 (сочетающий гены rdrp и n) и и самое н пtце пt пt пt пt) размере 87,6%, а аначение ct гена orf1a/b в исследовании sansure biotech 2019- анализ ncov пov пазал низкий ct. Fel y dangosir yn Ffigur 1, roedd gan assay Abbott SARS-COV-2 (yn cyfuno'r genynnau RDRP a N) y gwerth CT canrannol isaf (<20 CT) ar 87.6%, tra bod gwerth CT y genyn ORF1A/B yn astudiaeth sansure biotechnoleg 2019 sansure-dangosodd y dadansoddiad o NCOV CT isel. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, а процент высоких значений ct (36–40 ct) составил 3,2%. Canran y gwerthoedd (<20 ct) oedd 50.3%, a chanran y gwerthoedd CT uchel (36-40 CT) oedd 3.2%.Cofnododd prawf Abbott SARS-COV-2 B werthoedd CT uwch na 30. Ar y llaw arall, ar y BGI SARS-COV-2 Assay ORF1A/B roedd gan genyn gwerth CT uchel (> 36 CT) ganran oedd 4% (Ffig. 1). Ar y llaw arall, ar y BGI SARS-COV-2 Assay ORF1A/B roedd gan genyn gwerth CT uchel (> 36 CT) ganran oedd 4% (Ffig. 1). С другой стороны, в аализе bgi sars-cov-2 ген orf1a/b имел высокок значение ct (> 36 ct), п р) 4%. Ar y llaw arall, yn y dadansoddiad o genyn BGI SARS-COV-2 roedd gan Gene ORF1A/B werth CT uchel (> 36 CT), yr oedd ei ganran ohonynt yn 4% (Ffig. 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值 （> 36 CT） 的百分比为 4%（图 图 1）。。 Ar y llaw arall, wrth ganfod BGI SARS-COV-2, canran y genyn ORF1A/B â gwerth CT uchel (> 36 CT) yw 4% (Ffigur 1). С другой стороны, в анализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с ы ысокими значениям cyfan) Ar y llaw arall, yn y dadansoddiad BGI SARS-COV-2, canran y genynnau ORF1A/B â gwerthoedd CT uchel (> 36 CT) oedd 4% (Ffig. 1).
Yn yr astudiaeth hon, gwnaethom gymryd 164 o samplau nasopharyngeal. Ar gyfer pob math o brofion, perfformiwyd ynysu ac ymhelaethu RNA gan ddefnyddio'r dulliau a'r citiau a argymhellir gan y gwneuthurwyr priodol.
Dangosodd yr astudiaeth hon fod gan brawf Abbott ar gyfer SARS-COV-2 yr un perfformiad canfod â CRS, gyda chytgord 100% cadarnhaol, negyddol a chyffredinol. Cytundeb Kappa Cohen yw 1.00, gan nodi cytundeb llawn â CRS. Canfu astudiaeth debyg gan Brifysgol Washington yn yr UD mai sensitifrwydd a phenodoldeb cyffredinol y prawf Abbott ar gyfer SARS-COV-2 oedd 93% a 100%, yn y drefn honno, o’i gymharu â’r assay a bennwyd gan labordy (LDA) y CDC. 11. Mae system ganfod Abbott SARS-COV-2 yn seiliedig ar ganfod y genynnau N a RDRP ar yr un pryd, gan fod y ddau genyn yn fwy sensitif, gan leihau negyddion ffug12. Dangosodd astudiaeth yn Fienna, Awstria hefyd fod cyfeintiau sampl echdynnu mawr a chyfeintiau elifiant canfod yn lleihau effeithiau gwanhau ac yn cynyddu effeithlonrwydd canfod13. Felly, gall gêm berffaith Abbott ar gyfer assay SARS-COV-2 fod yn gysylltiedig â system canfod platfform sy'n canfod genynnau cyfuniadol ar yr un pryd, yn tynnu nifer fawr o samplau (0.5 mL), ac yn defnyddio llawer iawn o elifiant (40 µl).
Dangosodd ein canlyniadau hefyd fod perfformiad canfod prawf genetig DAAN bron yr un fath â pherfformiad CRS. Mae hyn yn gyson ag astudiaeth14 a gynhaliwyd ym Mhrifysgol Anhui yn Huainan, China, a honiad y gwneuthurwr o gytundeb cadarnhaol 100%. Er gwaethaf adroddiadau o ganlyniadau cyson, roedd un sampl yn ffug negyddol ar ôl ailbrofi'r un elît, ond roedd yn bositif yn profion Abbott SARS-COV-2 a sansure biotech NCOV-2019. Mae hyn yn awgrymu y gallai fod amrywioldeb mewn canlyniadau ar draws gwahanol fathau o brofion. Serch hynny, yn yr astudiaeth a gynhaliwyd yn Tsieina15, roedd canlyniad assay genyn DAAN yn sylweddol wahanol (P <0.05) o'i gymharu â'u assay cyfeirio wedi'i ddiffinio gan labordy. Serch hynny, yn yr astudiaeth a gynhaliwyd yn Tsieina15, roedd canlyniad assay genyn DAAN yn sylweddol wahanol (P <0.05) o'i gymharu â'u assay cyfeirio wedi'i ddiffinio gan labordy. Тем не менее, в иссследовании, проведеннном в китае15, результат янализа genyn daan genyn з значellau х х 0, оотistr лабораторного эталонного анализа. Fodd bynnag, mewn astudiaeth yn Tsieina15, roedd canlyniad dadansoddiad Gene Daan yn sylweddol wahanol (P <0.05) i'w dadansoddiad cyfeirnod labordy.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （P <0.05）。。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Однако в исследовании, проведеденнном в китае15, результаты генетического теста daan знаle з offa з gostau сравнению с его эталонным лабораторныы тестом. Fodd bynnag, mewn astudiaeth yn Tsieina15, roedd canlyniadau prawf genetig DAAN yn sylweddol wahanol (p <0.05) o gymharu â'i brawf labordy cyfeirio.Gall yr anghysondeb hwn fod oherwydd sensitifrwydd y prawf cyfeirio i ganfod SARS-COV-2, a gall astudiaethau pellach fod yn bwysig i bennu'r achos.
Yn ogystal, gwerthusodd ein hastudiaeth berfformiad cymharol assay BGI SARS-COV-2 gyda CRS, gan ddangos cytundeb canrannol cadarnhaol rhagorol (PPA = 97.9%), cytundeb canrannol negyddol (APC = 100%), a chytundeb canrannol cyffredinol yn ôl rhyw (OPA). ). = 98.8%). Dangosodd gwerthoedd Kappa Cohen gytundeb da (k = 0.975). Mae astudiaethau yn yr Iseldiroedd16 a China15 wedi dangos canlyniadau cyson. Prawf canfod genyn sengl (ORF1A/B) yw prawf BGI SARS-COV-2 gan ddefnyddio ymhelaethiad/elît canfod 10 µL. Er gwaethaf cytundeb ystadegol da gyda'n canlyniadau cyfeirio, methodd y dadansoddiad ddau sampl gadarnhaol (1.22%) o gyfanswm y sampl. Gall hyn fod â goblygiadau clinigol enfawr ar gyfer dynameg trosglwyddo ar lefelau'r cleifion a'r gymuned.
Dadansoddiad cymharol arall a gynhwyswyd yn yr astudiaeth hon oedd assay sansure biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); Canran gyffredinol y gêm oedd 96.3%. Penderfynwyd ar gryfder cytundeb hefyd gan werth Kappa Cohen, a oedd yn 0.925, gan nodi cytundeb llawn gyda'r CRS. Unwaith eto, mae ein canlyniadau'n union yr un fath ag astudiaethau a gynhaliwyd ym Mhrifysgol Central South yn Changsha, China, ac yn Adran Labordy Clinigol Ysbyty Pobl Liuzhou, Dinas Liuzhou, China17. Er bod y cytgord ystadegol da uchod wedi'i gofnodi, dangosodd y prawf Chi-sgwâr (prawf MacNemar) fod canlyniad y assay biotechnoleg sansure wedi cael gwahaniaeth ystadegol arwyddocaol o'i gymharu â CRS (p <0.005). Er bod y cytgord ystadegol da uchod wedi'i gofnodi, dangosodd y prawf Chi-sgwâr (prawf MacNemar) fod canlyniad y assay biotechnoleg sansure wedi cael gwahaniaeth ystadegol arwyddocaol o'i gymharu â CRS (p <0.005). Несмотря на то, что ыыло заðксировано указазанное выше хорошее статистическое с с с с с х к (критерий макемара) показал, что результат анализа sansure biotech имет стистически пназ рное vever 0,005). Er y cofnodwyd y cytundeb ystadegol da uchod, dangosodd y prawf Chi-sgwâr (prawf McNemar) fod gan ganlyniad y assay biotechnoleg sansure wahaniaeth ystadegol arwyddocaol o'i gymharu â'r CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （MacNemar 检验） 表明 ， ， sansure biotech 检测的结果与 crs 相比具有统计学显着差异 （p <0.005）。。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， ， 但 检验 （（MacNemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （（（p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。））））））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое сответствие, критерий хи -кваарр d статистически значимую разницу (p <0,005) между анализом sansure biotech и crs. Er gwaethaf y cytundeb ystadegol da a nodwyd uchod, dangosodd y prawf chi-sgwâr (prawf McNemar) wahaniaeth ystadegol arwyddocaol (p <0.005) rhwng y assay biotechnoleg sansure a'r CRS.Canfuwyd bod chwe sampl (3.66%) yn negatifau ffug o gymharu â CRS (Tabl Atodol 1); Mae hyn yn bwysig iawn, yn enwedig o ystyried dynameg trosglwyddo'r firws. Mae'r data uchod hefyd yn cefnogi'r gyfradd canfod isel hon15.
Yn yr astudiaeth hon, pennwyd gwerthoedd CT ar gyfer pob assay a'r platfform priodol, gyda'r gwerth CT cymedrig isaf yn cael ei adrodd yn assay Abbott SARS-COV-2. Gall y canlyniad hwn fod yn gysylltiedig â system profi genetig cyfun ar yr un pryd Abbott ar gyfer canfod SARS-COV-2. Felly, yn ôl Ffigur 1, roedd gan 87.6% o ganlyniadau Abbott SARS-COV-2 werthoedd CT o dan 20. Dim ond nifer fach o ganlyniadau sampl (12.4%) oedd yn yr ystod 20-30. Ni chofnodwyd gwerthoedd CT uwch na 30. Yn ogystal â defnydd Abbott o fformat profi genetig panel SARS-COV-2, gall y canlyniad hwn fod yn gysylltiedig â'r terfyn canfod is (32.5 copïau RNA/ml) 18, sydd dair gwaith yn is na therfyn isaf y cwmni o 100 copi RNA/ml RNA. ml) 19.
Mae gan yr astudiaeth hon rai cyfyngiadau: Yn gyntaf, nid oes gennym ddulliau safonol/cyfeirio [megis llwyth firaol neu brofion labordy eraill (LDA)] oherwydd diffyg adnoddau. Yn ail, roedd yr holl sbesimenau a ddefnyddiwyd yn yr astudiaeth hon yn swabiau nasopharyngeal, tra nad oedd y canlyniadau'n berthnasol i fathau o sbesimenau eraill, ac yn drydydd, roedd maint ein sampl yn fach.
Cymharodd yr astudiaeth hon berfformiad pedwar asesiad RRT-PCR ar gyfer SARS-COV-2 gan ddefnyddio samplau nasopharyngeal. Roedd gan yr holl brofion canfod berfformiad bron yn gymharol, ac eithrio'r assay biotechnoleg sansure. Heblaw, nodwyd y gyfradd positifrwydd isel yn y assay biotechnoleg sansure o'i gymharu â'r CRS (p <0.05). Heblaw, nodwyd y gyfradd positifrwydd isel yn y assay biotechnoleg sansure o'i gymharu â'r CRS (p <0.05). Кроме того, в тесте sansure biotech ыыл выявлен низкий процент положительных результатата по п0,0,0,0 <0,0,0 <0,0 с 0,0 с. Yn ogystal, dangosodd y prawf biotechnoleg sansure ganran isel o ganlyniadau cadarnhaol o'i gymharu â CRS (p <0.05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 Кроме того, анализ sansure biotech имел блее низкий уровень положителыхных результатататов по с с 0,0,0). Yn ogystal, roedd gan y assay biotechnoleg sansure gyfradd positifrwydd is o'i gymharu â CRS (p <0.05).Roedd dadansoddiad Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) o PPA, APC a chytundeb cyffredinol yn fwy na 93.5% gyda chryfder cencapa Cohen Kappa o werth cytundeb o 0.925. Yn olaf, mae angen dilysu'r assay biotechnoleg sansure (RUO) i'w ddefnyddio ymhellach yn Ethiopia, a dylid ystyried ymchwil ychwanegol i werthuso hawliadau gan wneuthurwyr unigol.
Cynhaliwyd dyluniad astudiaeth gymharol mewn pedwar cyfleuster iechyd yn Addis Ababa, Ysbyty Eka Kotebe, Canolfan Trin Eglwys y Mileniwm, Ysbyty Coffa Zewooditu, ac Ysbyty Arbenigol Twbercwlosis Sant Pedr. Casglwyd y data rhwng Rhagfyr 1 a 31, 2020. Dewiswyd y cyfleusterau meddygol ar gyfer yr astudiaeth hon yn bwrpasol ar sail eu nifer uchel o achosion ac argaeledd canolfannau triniaeth mawr yn y ddinas. Yn yr un modd, dewiswyd offerynnau, gan gynnwys offerynnau PCR amser real ABI 7500 ac Abbott M2000, yn unol ag argymhellion y gwneuthurwyr ymweithredydd NAAT, a dewiswyd pedwar cit canfod PCR ar gyfer yr astudiaeth hon, gan fod y mwyafrif o labordai yn Ethiopia yn defnyddio o leiaf bedwar ohonynt o leiaf. Prawf Gene, Prawf Abbott SARS-COV-2, prawf biotechnoleg sansure, a phrawf BGI SARS-COV-2 a berfformiwyd yn ystod yr astudiaeth).
Perfformiwyd profion ar gyfer SARS-COV-2 rhwng 1 a 30 Rhagfyr 2020 gan ddefnyddio 3 ml o gyfrwng trafnidiaeth firaol (VTM) (Technoleg Miraclean, Shenzhen, China) gan unigolion yr ymchwiliwyd i COVID-19 a gyfeiriwyd at Ephi. Casglwyd samplau nasopharyngeal gan gasglwyr samplau hyfforddedig a'u hanfon i Ephi mewn pecynnau triphlyg. Cyn ynysu asid niwclëig, rhoddir rhif adnabod unigryw i bob sampl. Perfformir echdynnu o bob sampl ar unwaith ar ôl cyrraedd gan ddefnyddio dulliau echdynnu â llaw ac awtomatig. Felly, ar gyfer echdynnu Abbott M2000 yn awtomatig, tynnwyd 1.3 ml (gan gynnwys cyfaint marw 0.8 ml a chyfaint mewnfa echdynnu 0.5 ml) y sampl o bob sampl a'i basio trwy system baratoi sampl DNA Abbott (Abbott Molecular Inc. Inc. Des Plaines, IL, UDA). ) Cynhwyswyd swp o 96 [92 sampl, dau reolydd canfod a dau reolydd di-dempled (NTC)] yn y broses gyffredinol (adfer a chanfod) dwy rownd o SARS-COV-2 (EUA) mewn amser real. mwyngloddio. Yn yr un modd, ar gyfer echdynnu â llaw, defnyddiwch yr un samplau (ar gyfer echdynnu a darganfod awtomatig). Felly, trwy gydol y broses, cafodd samplau 140 µl eu aliquotio a'u tynnu gan ddefnyddio pecyn Mini RNA firaol Qiaamp (Qiagen GmbH, Hilden, yr Almaen) mewn sypiau o 24 (gan gynnwys 20 sampl, dau reolydd assay a dau NTC) dros naw rownd. Cafodd elît a echdynnwyd â llaw eu chwyddo a'u canfod gan ddefnyddio beiciwr thermol ABI 7500 gan ddefnyddio assay BGI SARS-COV-2, assay genyn Daan, a assay biotechnoleg sansure.
Mae ynysu awtomataidd a phuro RNA firaol SARS-COV-2 yn dilyn yr egwyddor gleiniau magnetig gan ddefnyddio adweithyddion paratoi sampl DNA Abbott. Mae anactifadu samplau a hydoddi gronynnau firaol yn cael ei wneud gan ddefnyddio glanedydd sy'n cynnwys isothiocyanad guanidine i ddadnatureiddio'r protein ac anactifadu RNase. Yna mae'r RNA yn cael ei wahanu o'r protein trwy wahanu cyfnod solet gan ddefnyddio silica, hy yr halen guanidinium a pH alcalïaidd y byffer lysis hyrwyddo rhwymo'r asidau niwcleig i'r silica (SIO2). Mae'r cam rinsio yn cael gwared ar broteinau a malurion sy'n weddill i gynhyrchu datrysiad clir. Mae RNA tryloyw wedi'i ynysu oddi wrth ficropartynnau sy'n seiliedig ar silica gan ddefnyddio maes magnetig yr offeryn20,21. Ar y llaw arall, mae ynysu â llaw a phuro RNA yn cael ei wneud trwy'r dull colofn troelli gan ddefnyddio centrifugation yn lle stand magnetig a gwahanu micropartynnau oddi wrth yr elifiant.
Perfformiwyd Prawf Canfod SARS-COV-2 amser real Abbott (Abbott Molecular, Inc.) yn unol â chyfarwyddiadau'r gwneuthurwr, a dderbyniodd EUA19,22 gan Sefydliad Iechyd y Byd ac FDA. Yn y protocol hwn, perfformiwyd anactifadu sampl cyn echdynnu mewn baddon dŵr ar 56 ° C am 30 munud. Ar ôl anactifadu firws, perfformiwyd echdynnu asid niwclëig ar offeryn Abbott M2000 SP o 0.5 ml VTM gan ddefnyddio system baratoi sampl DNA ABBBOTT M2000. yn ôl y gwneuthurwr. Perfformiwyd ymhelaethiad a chanfod gan ddefnyddio offeryn Abbott M2000 RT-PCR, a pherfformiwyd canfod deuol ar gyfer y genynnau RDRP a N. ROX) a VIC P (llifyn perchnogol) ar gyfer targedu a chanfod rheolaethau mewnol, gan ganiatáu canfod y ddau gynnyrch ymhelaethu 19 ar yr un pryd.
Mae dull canfod ymhelaethiad y pecyn hwn yn seiliedig ar dechnoleg RT-PCR un cam. Dewiswyd y genynnau ORF1A/B a N fel rhanbarthau gwarchodedig gan dechnoleg genynnau Daan i ganfod ymhelaethiad rhanbarth targed. Dyluniwyd primers penodol a stilwyr fflwroleuol (n stilwyr genynnau wedi'u labelu â fam, stilwyr ORF1A/B wedi'u labelu â VIC) i ganfod RNA SARS-COV-2 mewn samplau. Paratowyd y cymysgeddau elifiant a meistr terfynol trwy ychwanegu 5 µl o elifiant i 20 µl o'r prif gymysgedd i gyfaint derfynol o 25 µl. Perfformiwyd ymhelaethiad a chanfod ar yr un pryd ar offeryn PCR amser real ABI 750024.
Canfuwyd y genynnau ORF1A/B a N gan ddefnyddio pecyn diagnostig asid niwclëig SANSURE BIOTECH NCOV-2019 (canfod PCR fflwroleuol). Paratowch stilwyr penodol ar gyfer pob genyn targed trwy ddewis y sianel FAM ar gyfer rhanbarth ORF1A/B a'r sianel ROX ar gyfer y genyn N. At y pecyn assay hwn, ychwanegir adweithyddion cymysgedd elifiant a meistr fel a ganlyn: paratowch ymweithredydd cymysgedd meistr 30 µl a sampl echdynnu 20 µl i'w ganfod/ymhelaethu. Defnyddiwyd PCR ABI 750025 amser real ar gyfer ymhelaethu/canfod.
Mae'r prawf SARS-COV-2 BGI yn becyn RRT-PCR amser real fflwroleuol ar gyfer gwneud diagnosis o COVID-19. Mae'r rhanbarth targed wedi'i leoli yn rhanbarth ORF1A/B y genom SARS-COV-2, sy'n ddull canfod genynnau sengl. Yn ogystal, mae'r genyn cadw tŷ dynol β-actin yn genyn targed a reoleiddir yn fewnol. Mae'r prif gymysgedd yn cael ei baratoi trwy gymysgu 20 µl o'r prif ymweithredydd cymysgedd a 10 µl o'r sampl RNA a dynnwyd mewn plât ffynnon26. Defnyddiwyd offeryn PCR amser real fflwroleuol ABI 7500 ar gyfer ymhelaethu a chanfod. Perfformiwyd yr holl ymhelaethiad asid niwclëig, amodau rhedeg PCR ar gyfer pob assay, a dehongliad o ganlyniadau yn unol â chyfarwyddiadau'r gwneuthurwr priodol (Tabl 3).
Yn y dadansoddiad cymharol hwn, ni wnaethom ddefnyddio'r dull safonol cyfeirio i bennu cytundeb y cant (cadarnhaol, negyddol, ac yn gyffredinol) a pharamedrau cymharu eraill ar gyfer y pedwar dadansoddiad. Gwnaethpwyd pob cymhariaeth prawf â CRS, yn yr astudiaeth hon gosodwyd y CRS gan y rheol “unrhyw bositif” a phenderfynwyd ar y canlyniad, nid trwy un prawf, gwnaethom ddefnyddio o leiaf ddau ganlyniad prawf cyfatebol. Yn ogystal, yn achos trosglwyddo Covid-19, mae canlyniadau ffug negyddol yn fwy peryglus na chanlyniadau positif ffug. Felly, i ddweud “positif” mor gywir â phosibl o ganlyniad CRS, rhaid i o leiaf dau brawf assay fod yn gadarnhaol, sy'n golygu bod o leiaf un canlyniad cadarnhaol yn debygol o ddod o assay EUA. Felly, allan o bedwar canlyniad profion, mae dau neu fwy o ganlyniadau profion sy'n rhoi'r un canlyniad yn cael eu hystyried yn wir gadarnhaol neu negyddol18,27.
Casglwyd data gan ddefnyddio ffurflenni echdynnu data strwythuredig, mewnbynnu a dadansoddi data gan ddefnyddio meddalwedd ystadegol Excel a fersiwn 23.0 SPSS ar gyfer ystadegau disgrifiadol. Dadansoddwyd cytundeb y cant cadarnhaol, negyddol a cyffredinol, a defnyddiwyd sgôr Kappa i bennu graddfa cytundeb pob dull â CRS. Dehonglir gwerthoedd Kappa fel a ganlyn: 0.01 i 0.20 ar gyfer cytundeb ysgafn, 0.21 i 0.40 ar gyfer cytundeb cyffredinol, 0.41-0.60 ar gyfer cytundeb cymedrol, 0.61-0.80 ar gyfer cytundeb mawr a 0.81-0.99 ar gyfer cytundeb llwyr28.
Cafwyd cliriad moesegol gan Brifysgol Addis Ababa a chymeradwywyd yr holl brotocolau arbrofol ar gyfer yr astudiaeth hon gan Fwrdd Adolygu Moeseg Gwyddonol Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia. Y rhif cyfeirnod ar gyfer trwydded moeseg Ephi yw Ephi/IRB-279-2020. Defnyddiwyd yr holl ddulliau yn unol ag argymhellion a darpariaethau canllawiau cynhwysfawr cenedlaethol Ethiopia ar gyfer trin Covid-19. Yn ogystal, cafwyd caniatâd ysgrifenedig gwybodus gan holl gyfranogwyr yr astudiaeth cyn cymryd rhan yn yr astudiaeth.
Mae'r holl ddata a gafwyd neu a ddadansoddwyd yn yr astudiaeth hon wedi'u cynnwys yn yr erthygl gyhoeddedig hon. Mae data sy'n cefnogi canlyniadau'r astudiaeth hon ar gael gan yr awdur priodol ar gais rhesymol.
Sefydliad Iechyd y Byd. Argymhellion ar gyfer Strategaethau Profi Labordy ar gyfer COVID-19: Canllawiau Dros Dro, Mawrth 21, 2020 Rhif WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Diagnosis craff yn yr adran achosion brys: All-in yn ymarferol. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Diagnosis craff yn yr adran achosion brys: All-in yn ymarferol.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. a Gurgulianis, Diagnosis Deallus Ki o Covid-19 yn yr adran achosion brys: popeth yn ymarferol.Muliou DS, Pantazopoulos I. a Gurgulyanis Ki Diagnosis deallus o COVID-19 mewn adrannau brys: integreiddio o'r dechrau i'r diwedd yn ymarferol. Y Parchedig Arbenedig Respire. meddygaeth. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, Sl & St George, K. Gwerthusiad o'r ID Covid19 Now EUA Assay. Mitchell, Sl & St George, K. Gwerthusiad o'r ID Covid19 Now EUA Assay.Mitchell, SL a St. George, K. Gwerthusiad o'r ID Covid19 Now EUA Assay.Mitchell SL a St. George K. Gwerthusiad o'r ID Covid19 Now EUA Assay. J. Clinigol. Feirws. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
SEFYDLIAD IECHYD Y BYD. Canfod labordy o Glefyd Coronafirws 2019 (COVID-19) mewn amheuaeth o glefyd dynol. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (cyrchwyd 15 Awst 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnosis Covid-19: Clefydau ac Offer Profi. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Sefydlu Coleg Patholegwyr Dwyrain, Canol a De Affrica - Ysgol Batholeg Ranbarthol y Dwyrain Canol a De Affrica. Affrica. J. Lab. meddygaeth. 9 (1), 1-8 (2020).
Sefydliad Iechyd Cyhoeddus Ethiopia, y Weinyddiaeth Iechyd Ffederal. Strategaeth Genedlaethol Dros Dro ac Arweiniad ar gyfer Diagnosis Labordy o COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (cyrchwyd 12 Awst 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, fel profion negyddol ffug ar gyfer heriau a goblygiadau haint SARS-COV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, fel profion negyddol ffug ar gyfer heriau a goblygiadau haint SARS-COV-2.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim fel profion ffug-negyddol ar gyfer heintiau SARS-COV-2 a'u canlyniadau.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim fel profion ffug-negyddol ar gyfer cythrudd ac effaith haint SARS-COV-2. N. Eng. Meddygaeth J. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Achosion COVID-19 ffug-bositif a ffug-negyddol: Strategaethau atal a rheoli anadlol, brechu, a safbwyntiau pellach. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Achosion COVID-19 ffug-bositif a ffug-negyddol: Strategaethau atal a rheoli anadlol, brechu, a safbwyntiau pellach. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki ложнололительные и ложнотрицательные случаи covid-19: респират rhain пled, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki Achosion negyddol positif a ffug ffug o COVID-19: Strategaethau atal a thrin anadlol, brechu a'r ffordd ymlaen.Muliu, DS a Gurgulianis, Ki achosion ffug-bositif a ffug-negyddol o COVID-19: Strategaethau ar gyfer atal a thrin anadlol, brechu a'r ffordd ymlaen. Y Parchedig Arbenedig Respire. meddygaeth. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis Covid-19 yn yr Adran Achosion Brys: Gweld y goeden ond yn colli'r goedwig. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnosis Covid-19 yn yr Adran Achosion Brys: Gweld y goeden ond yn colli'r goedwig.Mouliou, DS, Ioannis, P. a Konstantinos, G. COVID-19 Diagnosis yn yr adran achosion brys: Gweler y goeden, colli'r goedwig.Diagnosis Muliou DS, Ioannis P., a Konstantinos G. Covid-19 mewn ystafelloedd brys: Dim digon o goedwig ar gyfer y coed. Ymddangos. meddygaeth. J. https://doi.org/10.1136/EMERMED-2021-212219 (2022).
Degli-Aneli, E. et al. Dilysu a dilysu perfformiad dadansoddol a chlinigol assay SARS-COV-2 Abbott Realtime. J. Clinigol. Feirws. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, AD, Afshar, AA, Kalantar-Neuestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Cymharwch bum set primer o wahanol ranbarth genom o covid-199 ar gyfer canfod haint firws gan RT-PCR confensiynol. Mollaei, AD, Afshar, AA, Kalantar-Neuestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Cymhariaeth o bum set primer o wahanol ranbarthau genom o covid-19 ar gyfer canfod haint firws gan RT-PCR confensiynol.Mollaei, AD, Afshar, AA, Kalantar-Neuestanaki, D., Fazlalipour, M. ac Aflatunyan, B. Cymhariaeth o bum set o brimyn o wahanol ranbarthau o'r genom covid-19 9 ar gyfer canfod haint firaol gan RT-PCR confensiynol. Mollaei, AD, Afshar, AA, Kalantar-Neuestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 rt-pcr 检测病毒感染。 Mollaei, AD, Afshar, AA, Kalantar-Neuestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Cymhariaeth o 5 rhanbarth genetig gwahanol o Covid-199 ar gyfer canfod haint firaol gan RT-PCR confensiynol.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neuestanaki D, Fazlalipour M. ac Aflatunyan B. Cymhariaeth o bum set o brimyn o wahanol ranbarthau o'r genom covid-19 ar gyfer canfod haint firaol gan RT-PCR confensiynol.Iran. J. Microbioleg. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Canlyniadau rhagarweiniol y rhaglen asesu ansawdd allanol genedlaethol ar gyfer canfod dilyniannau genom SARS-COV-2. J. Clinigol. Feirws. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Gwerthusiad dadansoddol o effeithiolrwydd pum cit RT-PCR ar gyfer syndrom anadlol acíwt difrifol Coronafirws 2. J. Clinigol. Labordy. anws. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Gwerthuso saith cit canfod RNA SARS-COV-2 sydd ar gael yn fasnachol yn Tsieina yn seiliedig ar adwaith cadwyn polymeras amser real (PCR). clinigol. Cemegol. Labordy. meddygaeth. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Cymhariaeth o saith cit diagnostig COVID-19 RT-PCR masnachol. J. Clinigol. Feirws. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Cymhariaeth o berfformiad diagnostig dau git PCR ar gyfer canfod asidau niwclëig SARS-COV-2. J. Clinigol. Labordy. anws. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, ac ati. Dangosodd astudiaeth gymharol o bedwar llwyfan ymhelaethu asid niwclëig SARS-COV-2 (NAAT) fod perfformiad ID bellach wedi'i ddiraddio'n sylweddol yn dibynnu ar y claf a'r math o sampl. diagnosis. Microbioleg. Heintus. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Moleciwl Abbott. Mewnosodiad Pecyn Dadansoddi SARS-COV-2 Abbott Real. https://www.molecular.abbott/us/cy/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (O Awst 10, 2020) (2020).
Klein, S. et al. Ynysu RNA SARS-COV-2 gan ddefnyddio gleiniau magnetig ar gyfer canfod ar raddfa fawr yn gyflym gan RT-QPCR a RT-LAMP. Firws 12 (8), 863 (2020).